血管平滑肌细胞泡沫化进程差异LncRNA 的筛选与分析
测序,编码,实验组,1材料与方法,1实验细胞及分组,2方法与步骤,2结果,1油红O染色,2RNA质检及测序原始数据质量评价,3差异表达LncRNA筛选及靶基因预测结果,4差异表达LncRNA靶基因富集结果
黄 艳 冯 习黄方舟 胡 亮湖南省长沙市第四医院急诊科,湖南长沙 410006
动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)是冠心病、急性心肌梗死等疾病发生发展的病理基础,约70%的急性冠状动脉事件是由易损斑块所致[1]。近年来,各种高危因素导致急性心肌梗死等心血管疾病的发病率越来越高,发病年龄越来越年轻化,AS 的相关研究也成为当前研究热点。研究表明,血管壁内多种细胞在刺激因素的作用下引起的功能失调或激活是粥样斑块的病理基础[2],如激活的血管平滑肌细胞(VSMCs)对粥样斑块的形成和稳定性有重要作用[3]。因此,深入研究影响AS 斑块稳定性的因素及其机制,寻找稳定斑块、预防斑块破裂的策略和方法,通过早期诊断和积极有效地干预,对降低AS 相关疾病的致残致死率有至关重要的研究意义。
长链非编码RNA(long nocoding RNAs,LncRNAs)是一类长度大于200 个核苷酸、缺少蛋白质编码功能的长链非编码RNA,在发现之初被当做是基因组内的“噪音”[4]。研究发现人体内存在众多的LncRNA与心血管系统疾病的发生发展密切相关[5]。利用转录组测序技术(RNA-seq)对组织或细胞中提取的全部RNA 进行测序,进而获取组织或细胞在某一特定状态下基因表达转录本的全面信息[6],从中筛选对AS 病情进展有预示作用的LncRNA 作为疾病标志物[7],可为深入研究LncRNA在AS 病情进展中的功能和作用机制提供线索[8]。目前已经发现的与AS 相关的LncRNA包括RAPIA[9]、NORAD[10]、TUG1[11]、ANRIL[12]等。
鉴于VSMCs 与LncRNAs 对于AS 的重要意义[13],寻找VSMCs 泡沫化进程差异表达LncRNA,能为研究AS 相关疾病的发生发展提供重要线索。但是目前的研究大部分还是处于起步阶段,本研究对VSMC 沫化进程中差异LncRNAs 进行筛选,并对其功能进行了分析和讨论。
1 材料与方法
1.1 实验细胞及分组
家兔VSMC:细胞来源于湘雅细胞库;实验组细胞:经氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)处理24 h,浓度为80 μg/mL;对照组细胞未经ox-LDL 刺激。实验组编码为OX1、OX2、OX3、OX4,对照组编码为:C1、C2、C3、C4。
1.2 方法与步骤
1.2.1 VSMC 的培养、冻存与复苏
从液氮罐中取出冻存的细胞,迅速放入37℃恒温水浴箱中 ......
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