吕 兴 杨书红

    1.武汉市泰康同济(武汉)医院普外科，湖北武汉 430050；2.华中科技大学同济医学院附属同济医院妇产科，湖北武汉 430030

    肝脏的发育受到时间与空间的精细调控。肝脏发育不同阶段的差异表达基因(DEGs)对其结构形成、功能的成熟有关键作用。小鼠在孕8.5～9.5 d(人类孕23～26 d)可检测到肝细胞特异性遗传标记[1]，从13.5 d 左右(人则从孕56～58 d 开始，孕210 d 左右结束)来源于内胚层组织的肝祖细胞开始向肝细胞及胆管细胞分化，随后在特定基因的调控下逐渐发育成熟，功能亦逐渐完善[2]。在此期间mRNA 表达谱亦随着时间逐渐发生变化[3]。为深度分析肝脏在胚胎期与成熟期表达基因差异性，本文将对胚胎期(ED14)与成熟期(PND 56)表达谱芯片进行分析，深度挖掘肝脏发育过程中的变化机制。

    1 方法学

    1.1 DEGs 的筛选

    从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GEO数据库下载编号为GSE65063 的基因表达谱数据，提取其中ED14 及生后56 d(PND 56)芯片，采用在线分析软件GEO2R 完成DEGs 筛选，表达差异用差异倍数(fold change，FC)表示，筛选标准为P <0.001，|log2FC|≥2。将原始数据下载，匹配出筛选的上调及下调前25 个基因相对应的矩阵表达值，利用软件HemI 进行热点图绘制。采用Excel 绘制火山图。

    1.2 DEGs 的富集分析

    使用DAVID 在线分析网站分别对上调和下调DEGs 进行基因本体论(gene ontology，GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物学通路富集分析。

    1.3 DEGs 编码蛋白质的相互作用(PPI)分析

    利用STRING 在线数据库对DEGs 所编码蛋白质进行分析，探寻PPI 规律(结合可信度选择0.7)，运用CytoScape 软件完成可视化；随后进行功能模块构建(采用CytoScape 软件中加载的MCODE 插件)，将排列前3 的模块分别导出，并将该3 个模块相关基因导入在线分析软件STRING 进行GO 与KEGG 分析 ......