帕金森病的生物信息学分析及潜在治疗中药的预测
网络图,差异基因,靶点,1资料与方法,1PD差异表达基因的获取,2蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteractions,PPI)网络的构建,3靶点功能通路注释,4靶点-信号通路网络图,5潜
赵佳佳 木尼热·艾海提 张宇洁 杨俊玲 叶红霞 许 忠乌鲁木齐市中医医院药学部,新疆乌鲁木齐 830000
帕金森病(Parkinson disease,PD)是一种神经衰退性疾病,通常表现为运动迟缓,自主活动受限,集中体现在感觉、认知和睡眠障碍等方面[1]。此病通常发生在中脑黑质纹状体区域,主要是多巴胺缺失[2],目前,发病原因和机制尚不清楚。临床西药治疗主要应用左旋多巴,使用该药后虽然能减轻患者的临床症状,但并不能从根源上阻止神经退化,且有较大的副作用[3]。近年来,中药及其复方制剂在治疗PD的神经保护方面开展了大量研究,并获得了成效[4-6],已成为PD 防治药物开发的热点。
但是中医临床用药多是个人经验总结,虽然疗效显著,但对PD的治疗机制并不能明确解释。因此,本研究运用生物信息学分析,筛选出PD 关键致病基因和信号通路,同时预测潜在治疗中药,为PD的发生机制和中药治疗提供参考依据。
1 资料与方法
1.1 PD 差异表达基因的获取
通过GEO 数据库检索PD 患者和健康人的基因表达信息,运用GEO2R 分析PD 组和健康对照组间的基因差异,将P 1 倍的基因纳入差异表达基因,在GeneCards 数据库,检索PD 相关基因,两个结果中共有基因为PD的显著差异基因。
1.2 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络的构建
用PPI 网络分析基因或蛋白间的相互作用,通过String 数据库构建PPI 网络,将得到的PPI 信息导入Cytoscape 软件 ......
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