浙江省萧山区轮状病毒A组G型和P型基因同源性比较与进化分析(3)
 |
| 第1页 |
参见附件(2931KB，3页)。
图1 A组轮状病毒基因扩增结果：1.DL2000;2.G1型;3.G2型;4-5.G3型;6.G型阴性对照;7.P4型;8.P8型;9.P型阴性对照
2.2RT-PCR扩增产物的测序及序列拼接结果
选取G1型6株、G2型3株、G3型4株、P4型2株和P8型1株送上海生工生物技术有限公司对基因序列进行双向测定，应用DNAMAN(5.1.0.0)与Sequencher4.7软件进行序列的拼接、比对和分析。
2.3A组轮状病毒基因核苷酸的同源性比较与进化树分析
根据已报道的A组轮状病毒基因核苷酸序列与2010年中部分A组轮状病毒基因核苷酸的序列，利用MEGA4.0软件与DNAstar 5.1对A组基因核苷酸序列进行同源性分析并绘制系统进化树。
2.3.1A组轮状病毒基因核苷酸的同源性比较和进化分析
2.3.1.1G型同源性比较和进化分析 通过对所测基因的核苷酸进行同源性比较和进化分析表明,13株G型轮状病毒中G1型6株、G2型3株、G3型4株。其中G1型(46-RVA、51-RVA、50-RVA、17-RVA、85-RVA和34-RVA)基因核苷酸与GU377206.1、GU377196.1、AB534521.1、GU985236.1和GU985240.1的基因核苷酸序列同源性为94.6%～99.2%；G2型(65-RVA、79-RVA和69-RVA)基因核苷酸与HM066079.1、HM066080.1、HM467956.1的基因核苷酸序列同源性为92.7%～98.5%；G3型(162-RVA、87-RVA、24-RVA和91-RVA)基因核苷酸与HM773741.1、GU985255.1、AB525801.1、DQ873676.1的基因核苷酸序列同源性为95.8%~99.2%，见图2。
2.3.1.2P型同源性比较和进化分析 通过同源性和进化分析的3株轮状病毒P型中P4型2株、P8型1株。其中P4型(77-RVA-P和69-RVA-P)基因核苷酸与FJ623232.1、T76253.1、R88129.1、D61165.1、HM467941.1的基因核苷酸序列同源性为92.7%~99.4%；P8型(75-RVA-P)基因核苷酸与GU563717.1、HM773736.1、HQ230040.1、HQ230043.1、HQ230043.1的基因核苷酸序列同源性为93.9%~96.8%，见图3。
图2G型A组轮状病毒基因核苷酸进化树
3讨论
轮状病毒是世界范围内引起婴幼儿病毒性腹泻的主要病原体，是引起婴幼儿腹泻的主要致病因子[4]，全世界每年约有60万5岁以下儿童的死亡与RV有关。其中A组轮状病毒是引起婴幼儿非细菌性腹泻的主要病原，根据全球不同地区流行病学调查，G1、G2、G3、G4和G9是人类感染HRV最常见的流行优势株。而目前在世界范围内常见的 P 基因型主要是 P8和 P4，我们所检测出的P型A组轮状病毒中,其流行株也主要是 P8和 P4 ,与国内其他地区报道一致。20世纪70～80年代的有关资料显示，在世界各地RV的检测阳性率为11%～70%，国内一些资料显示，RV的一年阳性检出率约40%～60%[5]。
本次研究的标本均为≤5岁的婴幼儿，ELISA方法检测RV阳性率为33.3%(54/162)，PCR扩增出G1、G2、G3、P4及P8型，目的条带的大小与预期相符，其中G型最常见的是G1型为32株，G2为5株，G3为9株，P型中，P4为3株，P8为5株。可见萧山地区的A组轮状病毒以G1为主，其次为G3、G2、P8、P4 型，结果与我国其他地区，如重庆和上海地区报道一致[1，6]；而长春和河北省卢龙等地区的检测结果中A组轮状病毒以G3为主，其次为G1[7，8]。
另外，G9型自从1994年在北京地区被发现以来，相继在我国其他地区被发现，如河北省卢龙，天津等地区，且呈现越来越多的趋势[8，9]。本次研究当中未检测出G9型，构建系统进化树的13株标本核酸序列也与G9型参考株相比同源性很差，说明该型尚未在萧山地区引起流行，但不能忽略此型的增长趋势。
近几年来，国际上A组轮状病毒的分布在不同地区每年都会有变化。在一些亚洲国家，G1型流行优势株存在被G3型和G9型取代的趋势；如越南在2006 ～2007年的调查研究中显示以G3型为主的流行优势株[10]。在泰国的1993 ～2007年的长期综合调查中，在总的结果中G1型为第一位，其次为G9 型；按年份分析，1993 ～1999年以G1型为主、2000 ～2003年以G9型为主、2003 ～2004年和2006 ～2007年又以G1型为主[10，11]。P型则仍以P8为流行优势株，P6型虽在全球范围内并不常见，但是近期研究表明P6型在我国云南、卢龙等地区也越来越常见[12，13]。针对A组轮状病毒快速而多样的变化趋势，及时跟踪调查和研究，对疾病的防治和疫苗的生产具有极大的意义。
本实验室2010年6～12月对A组轮状病毒的监测表明，萧山地区的HRV感染G1亚型变异株是流行优势株；P型则以P8、P4亚型变异株为主。由HRV引起的急性腹泻患者中各个G、P亚型具有基因型别多样性，这种特点可能增加了感染的概率和波及范围。这些发现对我国病毒性腹泻的预防和治疗具有重要意义，对轮状病毒疫苗的研究也有重要的价值。
[参考文献]
[1] Honma S，Chizhikov V，Santos N，et al.Development and validation of DNA microarray for genotyping group Arotavirns VP4(P[4]，PE6]，P[8]，P[9]，and P[14])and VP7(G1 to G6，G8 to G10.and G12)genes[J].J Clin Microbiol, 2007, 45(8)：2641-2648.
[2] Samajdar S, Ghosh S, Chawla2 SarkarM, et al. Increase in p revalence of human group A rotavirus G9 strains as an important VP7 genotype among children in eastern India [J]. J Clin Virol, 2008, 43(3)：334-339.
[3] 廖炀，陈军华，朱朝敏，等. 重庆婴幼儿轮状病毒分子流行病学特征及相关临床资料分析[J]. 第三军医大学学报，2010, 32(1)：77-80.
[4] 吴丽君，吴晓兰 ......
您现在查看是摘要介绍页，详见PDF附件(2931KB，3页)。