急性腹泻患儿诺如病毒检测和分型(1)
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[摘要] 目的 了解苏州地区急性腹泻患儿诺如病毒的分子特征和基因型别。方法 收集苏州地区2009年9月～2010年3月共153份5岁以下急性腹泻患儿粪便或肛拭标本，用多重RT-PCR方法检测诺如病毒，选择部分阳性扩增片段进行基因序列测定，并对序列进行系统进化分析。结果 急性腹泻患儿诺如病毒检出率为16.34%(25/153)，均为诺如病毒Ⅱ型，且诺如病毒基因型别均为GⅡ-4/2006b变异株。结论 诺如病毒是2009～2010年引起苏州地区急性腹泻患儿重要的病原之一，诺如病毒GⅡ-4/2006b变异株或类似株可能是2009～2010年苏州地区流行的优势株。
[关键词] 诺如病毒；分子特征；基因型别
[中图分类号] R725.1 [文献标识码] B [文章编号] 1673-9701(2011)31-84-02
Detection and Typing of Norovirus of Acute Diarrhea in Suzhou Area, 2009-2010
XUE Hua1 ZHAI Juping2
1.Jinchang District Center for Disease Prevention and Control, Suzhou 215008, China; 2.Department of Clinical Laboratory, the First Affiliated Hospital of Soochow University, Suzhou 215006, China
[Abstract] Objective To investigate the molecular characteristics and genotypes of human Norovirus (NV) in acute diarrhea in Suzhou. Methods Fecal specimens were collected from children (<5 years) with acute diarrhea. Norovirus of 153 specimens were detected by multiplex RT-PCR. PCR products of several positive samples were randomly selected and sequenced. The sequences were analyzed by phylogenetic analysis. Results Twenty-five Norovirus positive cases were detected in 153 facal specimens (16.34%), 25 isolates were Norovirus Ⅱ-types. Conclusion Norovirus is one of the major pathogens causing acute diarrhea of children, and GⅡ-4/2006b variant and like strains are probably identified as the prevalent strain from 2009 to 2010 in Suzhou, Jiangsu Province.
[Key words] Norovirus; Molecular characteristics; Genotype
诺如病毒(Norovirus，NV)属于人类杯状病毒(human calicivirus，HuCV)科，是引起人类急性病毒性胃肠炎的主要病原体之一，是仅次于轮状病毒引起的婴幼儿急性腹泻的常见病原[1，2]。诺如病毒可通过被污染的水源、食物和人与人之间的接触等多种途径进行传播，少量病毒即可引起感染，常在幼儿园、学校、餐馆、军队、医院、家庭和其他人群中引起暴发和流行[3，4]。为了解和掌握苏州地区诺如病毒的流行情况，我们于2009年9月～2010年3月采集了153份急性腹泻患儿的粪便标本，并进行诺如病毒的检测和分型研究。
1 材料与方法
1.1 标本收集
收集苏州地区2009年9月～2010年3月共153份5岁以下急性腹泻患儿粪便或肛拭标本。
1.2 核酸提取
应用PBS溶液将粪便标本制备成10%悬液，室温静止10min，室温8000rpm离心5min，离心后取200μL上清，采用德国Qiagen公司QIAamp Viral RNA提取病毒核酸，按照试剂盒操作说明书进行，收集终体积为50μL核酸提取液备用。
1.3 RT-PCR检测诺如病毒
采用多重RT-PCR对样本进行检测，反应引物如表1[5]，采用Takara公司One Step RNA PCR Kit进行RT-PCR扩增，扩增条件：48℃ 30min逆转录，94℃ 2min，35个循环(94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸1min)，72℃终延伸7min，4℃终止反应，将5μL的RT-PCR扩增产物进行1 ......
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