随机生存森林在小细胞肺癌预后分析中的应用(2)
假设在树节点h上有n(h)例样本,(T1,δ1),…,(Tn,δn)表示他们的生存时间和截尾信息,δ=0表示个体i在时间Ti时右截位,δ=1表示在时间Ti时死亡,则给定的一个变量Xj(j=1,2,…,m),在节点h处可以根据Xj≤c和Xj>c将生存数据分为两组数据。RSF在每棵树的节点处,随机选择M个变量作为分割节点的候选变量,选择使子节点生存差异最大的分支。树节点分裂准则采用Log-Rank分裂方法,计算生存函数采用Kaplan-Meier估计方法。为了选择极少最重要的基因变量,可以依据变量的重要性(VIMP)对变量进行筛选,VIMP值越大表明其预测能力越强。具体流程如下:第一步:清除缺失数据;第二步:对所有基因,使用Cox模型;第三步:选择P<0.005的基因变量;第四步:利用一般临床特征及最终选择的基因变量使用RSF,并根据其重要性对各变量进行排名。
2结果
对于临床一般特征及EGFR、K-ras、p53突变,利用Kaplan-Meier和Log-rank进行数据分析 ......
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