帕金森病关键基因及通路的筛选及其生物信息学分析(2)
1.2 基因功能注释与通路富集分析
利用DAVID生物信息资源数据库(https://david.ncifcrf. gov/,版本6.8)中在线分析工具,以人源基因为背景进行GO(Gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集,设定P<0.05。
1.3 蛋白相互作用网络分析
利用Cytoscape 3.5.1(版本6.8)的蛋白相互作用网络分析插件MCODE(Version 1.4.2,Bader Lab,University of Toronto)对构建的生物学网络中的区域进行关联度分析。通过分析网络结构,根据关联积分值,可获得整个网络中可能形成的蛋白质簇和关键节点蛋白,并在Cytoscape中進行可视化显示。
2 结果
2.1 帕金森病中差异表达基因的筛选
经过对GEO数据库的检索,以下三个数据集的数据被纳入本研究:GSE8397、GSE28894和GSE20164 ......
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