周茂旗 李兴明 王宪刚 陈皓楠 张 永

    1.成都医学院，四川成都 610500；2.四川省内江市第一人民医院呼吸与危重症医学科，四川内江 641000

    宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing，mNGS)是临床上一种新兴的病原检测方式，其采用的是半导体芯片测序技术，将碱基对合成核酸链的过程转化为数字信息，将待测的DNA链固定在半导体芯片微孔中的微球上，随后依次掺入ACGT 碱基，符合配对的碱基与待测DNA 链形成化学键，释放出氢离子，通过检测H信号的变化获得序列碱基信息，将生成序列碱基信息连接到精确的参考基因组数据库，以识别检出病原体。

    PDC-seq病原微生物宏基因组检测是通过对生物样本中提取的核酸进行高通量测序，利用生物信息学进行比对分析，获取样本中包含的微生物种类和丰度信息，检测全面覆盖16000 多种病原体，包括细菌、真菌、病毒和寄生虫等。基于 Illumina 测序平台和 PCR-free 建库技术，可避免聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)引入的扩增偏向性和气溶胶污染，同时优化核酸提取，解决真菌和分支杆菌破壁难、检出率低等问题，在疑难危重感染病例中有较高的临床应用价值。

    1 mNGS发展史

    临床应用的元基因组学起源于2000 年初的微阵列，微阵列是一组微观特征(最常见的是DNA)，用目标分子进行探测，以产生定量(基因表达)或定性(诊断)数据。随着微阵列技术在效率、识别力、敏感度和特异性方面的不断提高，已被应用于各种病原微生物的检测、鉴定、新病原体的发现、抗菌素耐药性监测和菌株分型，而后有学者在Affymetrix基因芯片平台上开发了重测序微阵列，应用于呼吸道病原体检测，可以同时检测和区分大量微生物病原体。直至2005 年二代测序技术的出现正式启动了元基因组学领域 ......