周科 向杰 张长江 张莉

    [摘要]?目的?筛选心房颤动(atrial?fibrillation，AF)促纤维化的关键基因及信号通路，探讨AF诱导的人心房成纤维细胞的促纤维化重塑的分子机制。方法?从公共基因数据库(gene?expression?omnibus，GEO)下载单细胞RNA序列表达谱GSE148506，通过主成分分析和T分布式随机邻接嵌入得到差异基因，利用SingleR软件包进行细胞类型注释和轨迹分析，使用clusterprofiler软件包，对成纤维细胞的差异基因进行基因本体(gene?ontology，GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto?encyclopedia?of?genes?and?genome，KEGG)信号通路分析。利用在线STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质相互作用网络和模块分析。利用插件cytoHubba筛选出关键基因。结果?共得到6个细胞类型注释群，包括成纤维细胞、脂肪细胞、内皮细胞、单核细胞、成纤维细胞、骨骼肌细胞。共鉴定出367个成纤维细胞差异基因，包括37个下调基因和330个上调基因。GO功能富集分析结果显示，成纤维细胞的差异基因生物过程主要富集于细胞外基质组织等；细胞组成主要富集于含胶原细胞外基质等；分子功能主要富集于细胞外基质结构成分等。KEGG信号通路分析表明，差异基因主要富集于黏着斑、细胞外基质-受体相互作用等。STRING分析从蛋白质网络互作图中鉴定出6个成纤维细胞关键基因，即FN1、TIMP1、LAMB1、FBN1、C3、VCAN。结论?利用生物信息学分析，鉴定出FN1、TIMP1、LAMB1、FBN1、C3、VCAN在内的基因及黏着斑、细胞外基质-受體相互作用、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白酶信号通路和转化生长因子-β信号通路可能是AF诱导的人心房成纤维细胞促纤维化重塑的重要分子机制。

    [关键词]?心房颤动；单细胞RNA序列；人心房成纤维细胞；生物信息学分析

    [中图分类号]?R541.7?[文献标识码]?A?[DOI]?10.3969/j.issn.1673-9701.2023.09.001

    Bioinformatics?analysis?of?single-cell?RNA-seq?of?atrial?human?fibroblasts?with?atrial?fibrillation

    ZHOU?Ke，?XIANG?Jie，?ZHANG?Changjiang，?ZHANG?Li

    Cardiology?Department ......