基于GEO数据库筛选滤泡性甲状腺癌关键基因及生物信息学分析
陈保林 李佳阳 姜焱 罗承敏 鲍宇翔 闫忠梁 程晓明 吕俊远![](/images/paper/1673-9701/202321/10-1-l.jpg)
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[摘要]?目的?滤泡性甲状腺癌(follicular?thyroid?carcinoma,FTC)临床上较少见,其在疾病早期即可发生血行转移。本研究利用生物信息学方法探索FTC发生发展的关键基因、发掘FTC的致病机制及治疗靶点。方法?从基因表达综合数据库(gene?expression?omnibus,GEO)下载基因芯片GSE82208,利用R软件分析以获得差异表达基因(differentially?expressed?genes,DEGs),利用数据库注释、可视化和综合发现(database?for?annotation,visualization?and?integrated?discovery,DAVID)在线网站对DEGs进行基因本体论(gene?ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto?Encyclopedia?of?Genes?and?Genomes,KEGG)富集分析。对DEGs行蛋白质–蛋白质相互作用(protein-protein?interaction,PPI)分析,并筛选核心基因,对核心基因进行生存分析。结果?共筛选获得74个DEGs,其中表达上调基因61个,表达下调基因13个。GO富集在细胞对锌离子的反应、细胞对镉离子反应、細胞核及金属离子结合等过程。KEGG信号通路富集在矿物质吸收信号通路。通过对PPI网络分析,筛选出核心差异表达基因MT1E、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X和MT2A共7个金属硫蛋白基因 ......
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