陈蔓莹，莫泳锋，覃洪宇，叶雨

    生物信息学分析肾透明细胞癌中NLR信号通路的作用和临床意义

    陈蔓莹1,2，莫泳锋1,2，覃洪宇1,2，叶雨1,2

    1.广西医科大学第二临床医学院，广西南宁 530000；2.广西医科大学第二附属医院急诊科，广西南宁 530000

    探讨寡聚化核苷酸结合结构域样受体(nucleotide-binding structural domain-like receptor，NLR)信号通路在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma，ccRCC)中的作用和临床意义，为寻找新靶点提供参考。从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)、基因表达综合(gene expression omnibus，GEO)、ArrayExpress和GEPAI2.0等数据库中下载ccRCC相关数据，利用R软件分析NLR信号通路在正常组织和癌组织中的富集差异，及其与T、N、M、肿瘤分级和分期等临床指标间的相关性，进一步分析该通路与ccRCC患者预后的关系，单细胞测序数据用于聚类和基因表达分析，通过免疫逃逸相关的基因集富集分析(gene set enrichment analysis，GSEA)和相关分析研究免疫与通路的关系，用免疫治疗数据进行生存分析和构建免疫相关生存预后模型。NLR信号通路在ccRCC中异常富集(1 资料与方法

    1.1 数据来源

    从TCGA数据库下载534例ccRCC数据和72例癌旁数据，利用R软件(4.1.3版本)对转录数据进行Log2(TPM+1)转换。自ArrayExpress数据库(https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress)下载E-MTAB-1980队列数据。GSE178481单细胞测序数据从GEO数据库下载。在GEPAI2.0数据库(http://gepia2.cancer-pku.cn/#index)获得ccRCC差异性表达基因3183个(<0.05)，其中高表达基因579个，低表达基因2604个。

    1.2 ssGSEA和无监督聚类分析

    TCGA和E-MTAB-1980队列数据中，利用ssGSEA R软件包对NLR基因集进行ssGSEA评分，用于评估该通路活性水平和富集程度。通过相关R软件包(NMF包)对TCGA-KIRC和E-MTAB-1980队列进行无监督聚类分析(NMF分析)，将样本分组。

    1.3 NLR信号通路与临床指标相关分析及生存分析 ......