WGCNA联合LASSO-COX方法筛选甲状腺癌预后关键基因及其临床价值分析
通路,预测,模块,1资料与方法,1数据收集与处理,2差异基因的筛选,3WGCNA,4LASSO-COX,5免疫组织化学检测,6风险预后模型的建立与分析,7根据模型评分分组进行GSEA
张澍漾,郭松雪,项承,支飞虎,谢立江,赵萍1.绍兴市中医院 浙江中医药大学附属绍兴中医院普外科,浙江绍兴 312000;2.浙江大学医学院附属第二医院整形外科,浙江杭州 310009;3.浙江大学医学院附属第二医院甲状腺外科,浙江杭州 310009
甲状腺癌(thyroid cancer,THCA)发病率逐年增长,是全球增长速度最快的癌症之一,已经成为内分泌系统中最常见的恶性肿瘤。据统计,全球THCA患者已经超过5.86万例[1],女性的患病率是男性的3倍[2]。近30年,女性发病率上升了22倍,男性发病率上升了15倍,已经成为了威胁人民健康的十大癌症之一[3]。
近年来随着生物信息学的发展与应用,基因靶向治疗成为精准治疗肿瘤的热点。既往研究利用基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库确定了肺鳞癌的铁死亡差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),为癌症的治疗靶点和预后预测提供指导[4]。有研究通过免疫微环境、免疫治疗反应和基因突变分析等方法,构建了稳健的肾透明细胞癌症预后预测模型[5]。6-DNA甲基化特征是THCA患者无进展生存率的独立预后标志物[6]。Hsa-miR-139-5p是一种THCA预后标志物,参与HNRNPF介导的可变剪接,是一种与调节THCA主要信号通路和肿瘤毒性相关的新型调控机制[7]。GPX4表达的增加通过抑制铁死亡促进THCA的发生,且可以预测较差的临床结果[8]。SERINC2在乳头状THCA中可作为潜在的肿瘤驱动生物标志物[9]。目前我国已经常规开展了BRAF基因、TERT基因、RET/PTC重排和RAS基因等突变检测,用于THCA患者的辅助诊断[10]。
本研究通过TCGA-THCA数据集筛选出THCA和正常样本间的DEGs,随后进行权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和套索联系COX回归分析(least absolute shrinkage and selection operator regression COX analysis ......
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