基于生物信息学的子宫内膜癌预后模型构建
林鹏 孙培 许淑霞[摘要]?目的?筛选与子宫内膜癌(endometrial?carcinoma,EC)预后相关的差异基因并构建预后模型。方法?从癌症基因图谱(The?Cancer?Genome?Atlas,TCGA)数据库和基因表达谱数据库(Gene?Expression?Omnibus,GEO)的数据集GSE63678中下载EC和正常对照样本的基因表达数据,筛选出共有差异基因。采用LASSO回归分析筛选出具有预后意义的基因,并构建预后特征。从TCGA数据库中获取具有完整信息的EC患者,按1∶1的比例随机分为训练组和验证组。對训练组患者基于预后特征构建生存曲线;采用基因本体论(gene?ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto?Encyclopedia?of?Genes?and?Genomes,KEGG)对预后特征进行功能注释和通路富集分析;结合预后特征及临床危险因素构建列线图,采用校准曲线和C指数评估列线图性能。最后使用验证组加以验证。结果?从TCGA和GEO数据库分别筛选出4800个和257个差异基因,其中共表达的上调基因73个 ......
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