郑婷婷 向菲

    [摘要]?全基因组测序是高通量测序技术，因偏倚小、成本不断降低等优势而广泛应用于疾病的临床诊断和研究中。近年来，结核病带给全球公共卫生的压力不容小觑。目前，全基因组测序技术在结核病诊断、耐药性检测、致病机制研究及其传播防控等方面面临诸多挑战。本文阐明全基因组测序技术在结核病中的最新应用进展。

    [关键词]?结核病；全基因组测序；耐药结核病；结核分枝杆菌

    [中图分类号]?R52?[文献标识码]?A ?[DOI]?10.3969/j.issn.1673-9701.2024.03.026

    结核病(tuberculosis，TB)是一种十分常见的慢性传染病，其致病病原体是结核分枝杆菌(Mycobacterium?tuberculosis，MTB)，可通过气溶胶传播。《2022年全球结核病报告》[1]显示，截至2021年全球TB的患病人数仍有1000万人，同时有>160万例TB患者因此死亡。受菌株变异及感染人数增加等影响，临床逐渐出现耐多药结核病(multidrug?resistant?tuberculosis，MDR-TB)等TB患者，进一步加重全球公共卫生的压力。提高MDR-TB的检出率、阻断其传播、研发新药和疫苗等变得更为迫切。

    1998年，Cole等[2]公布了MTB菌株H37Rv包含的约440万个碱基对和4000个基因在内的完整基因组序列，加深了人们对MTB的认识。2017年，英国成为全球第一个应用全基因组测序(whole?genome?sequencing，WGS)技术在全国范围内开展MTB诊断、耐药性检测、菌株鉴定和分型的国家[3]。Walker等[4]发布了第一个被世界卫生组织(World?Health?Organization，WHO)认可的13种抗TB药物的基因组突变目录。

    1?MTB与基因组测序

    在第一种脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic?acid，DNA)测序技术出现后的20多年中，基因组学技术迅猛发展。下一代测序(next-generation?sequencing，NGS)技术应运而生。2021年，Athanasopoulou等[5]提出第三代测序技术，其具有长读取、高速度、短用时等优势，可弥补NGS的部分缺陷，但其应用亦受到技术和成本的限制。

    结核分枝杆菌复合体(Mycobacterium?tuberculosis?complex，MTBC)的宏基因组测序包括样本准备(样本去污提纯、培养、提取细菌DNA)、制备文库、读取序列及数据分析等流程[6] ......