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编号:79081
基于生物信息学筛选慢性肾脏病进展中自噬关键基因及潜在中药预测研究
http://www.100md.com 2024年3月16日 中国现代医生 2024年第6期
靶点,纤维化,1资料与方法,1数据搜集,2差异表达分析和蛋白质-蛋白质相互作用分析,3GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,4机器学习筛选关键基因,5基于CoremineMedical数据库的
     桑田,王亿平

    1.安徽中医药大学第一临床医学院,安徽合肥 230038;2.安徽中医药大学第一附属医院肾内科,安徽合肥 230031

    慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)是一种渐进性疾病,其特点是由于各种原因造成的肾脏结构和功能的改变[1]。全世界约有10%的成年人受到某种形式的CKD 的影响,每年造成120 万人死亡和2800 万人的生命损失[2-3]。然而,CKD的致病基因和分子机制尚未完全阐明。识别与该病相关的新的关键风险基因对于发现潜在的治疗靶点具有重要意义,有助于深入理解CKD 的病理、生理过程,且对提升CKD 的早期诊断和治疗具有显著意义。自噬是一种关键的稳态机制,可清除各种受损或不需要的细胞内成分,以在应激条件下保护肾细胞。另外,自噬缺乏会增加肾脏损伤的易感性,导致肾功能下降、线粒体受损蓄积、严重肾纤维化和早期肾衰竭[4-5]。据报道,双酚A(bisphenol A,BPA)可通过升高的自噬相关基因5(autophagyrelated gene 5,Atg5)、自噬相关基因7(autophagyrelated gene 7,Atg7)、微管相关蛋白1A/1B 轻链3B(Map1lc3b/ Lc3b)和Beclin-1 基因水平调节自噬过程,加剧慢性肾损伤[6]。因此,需进一步研究来明确自噬相关基因在CKD 进展中的作用,挖掘潜在的治疗中药,对CKD 的诊断与治疗具有重要意义。

    本研究旨在通过从基因表达总表(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载的整合基因表达谱数据来探索自噬相关基因在肾纤维化中的作用。利用支持向量机(support vector machine,SVM)模型确定关键自噬关键基因,对关键基因预测可能的治疗中药。本研究为研究CKD 的分子机制和探索治疗性中药提供理论依据。

    1 资料与方法

    1.1 数据搜集

    通过人类自噬数据库获得参与自噬的基因 ......

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