1.3 分子对接方法和原理

    Gold是一款由英国剑桥大学晶体数据中心开发的一款分子对接程序，采用遗传算法(GA)进行蛋白-配体柔性对接，从而计算大分子与小分子结合模式，具有精度高、可靠性高以及操作界面友好等特点。

    对接定义活性口袋设定以HTL14242半径5？魡以内的氨基酸残基组成的活性口袋，即由ILE625、ILE651、SER654、PRO655、SER658、TYR659、ASN747、THR781、ILE784、TRP785、PHE788、VAL806、SER805、SER809、ALA810氨基酸残基构成。

    Gold程序借用遗传算法将化合物Ⅰ-Ⅳ、MPEP、化合物A与mglu5对接，充分搜索构象空间，以找到分子相互作用的最优模式。Gold程序提供了多种相互作用打分，用拟合度(GoldScore Fitness)函数表示。根据拟合度函数值的大小判断分子对接的好坏，函数值越大则分子间相互作用越强，形成的复合物能量越低，越稳定。在Gold对接过程中不允许提前结束对接，对接过程中配体构象可翻转。如无特别说明 ...... 濠碘€冲€归悘澶愬箖閵娿儲韬ù锝堟硶閺併倝骞嶇€ｎ偅绨氱紒娑橆槹缁侊妇鎲撮崼鐔割槯闁哄啰濮电涵鍫曞蓟閵壯勭畽闁瑰瓨鐗旂粭鍛姜閽樺寮块柡鍌氭祫缁辨繈宕ｉ婵嗗幋闁哄嫷鍨甸～锕傚箹濠婂懎鍋嶇€殿喗娲橀幖鍛婂緞鏉堚晜鍩傞柍銉︾矎濞村棝鎯嶆担娴嬪亾濠垫挾绀夐悹鍥棑閸嬶綁宕欑拠鑼綄妤犵偞娲樺〒鑸电▔鐎ｎ偅鐓欓柣銊ュ閳ь剚绮庨弫鎼佹嚇閹寸姴顣奸柍銉︾箖閸ㄣ劑鍨惧⿰鍐ㄦ枾缂傚啯鍨块妴澶愬灳濠靛⿴鍟忛梻鍌ゅ枔閳ь剨鎷�


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