基于系统药理学分析三七总皂苷干预脑血管疾病的作用机制(3)
1.2.4 网络构建和分析 采用Cytoscape软件根据有效成分、预测靶点、相关通路以及关联疾病数据信息构建有效成分-预测靶点-通路-疾病网络[13],并分析网网络的相关拓扑学特征。利用Cytoscape的插件Bisogenet(Version 3.0.0),根据Bisogenet中的蛋白与蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)数据库构建预测靶点PPI网络和疾病关联靶点PPI网络,在构建中通过输入靶基因名称列表并限定物种为人,数据设置中选择蛋白与蛋白的相互作用,方法选择输入所有节点和所有的邻近节点,输出选择基因[14]。应用Cytoscape的Merge工具对预测靶点PPI网络和疾病相关靶点PPI网络进行交叉融合(Intersection),筛选出共有的网络,网络中每个节点的拓扑学特征通过Cytoscape的插件CytoNCA计算4个参数来评价,这4个参数分别为度中心性(degree centrality,DC)、中间中心性(betweenness centrality ......
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