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编号:13831937
基于16SrRNA基因高通量测序方法分析多花黄精内生细菌群落结构及多样性(3)
http://www.100md.com 2020年7月1日 《湖南中医药大学学报》 202007
     2.4.3 多糖含量与菌群相关性分析 选取属水平总丰度前30的物种与多糖含量数据,通过Spearman相关系数,分析菌群与多糖含量之间的相关性。

    3 结果

    3.1 测序数据统计及多样性分析

    多花黄精样品经Illumina MiSeq高通量测序分析,样品测得的序列长度分布在152~531 bp之间,通过质控优化共得到序列94 524条,序列平均长度409 bp。从序列长度的分布来看,与16S rRNA V3-V4区序列长度大致吻合。经与数据库比对分析,共有90 628条序列与数据库中的序列相似,序列有效性为95.88%,说明测序合理,可用于进一步分析。

    对得到的多花黄精样品有效序列进行Shannon稀释曲线和等级聚类曲线分析。从Shannon曲线和等级聚类曲线(图1)可以看出,曲线已较平缓,说明测序趋于饱和,表明取样合理,通过对细菌16S rRNA V3-V4区的PCR扩增序列基本上能真实反映多花黄精内生细菌的群落组成 ......
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