基于16SrRNA基因高通量测序方法分析多花黄精内生细菌群落结构及多样性(1)
〔摘要〕 目的 采用高通量测序技术分析多花黄精内生细菌的多样性及菌群结构。方法 通过蒽酮-硫酸法测定多糖含量,采用通用引物对细菌16S rRNA高可变区(V3-V4区)进行PCR扩增,运用Illumina Miseq PE250高通量測序技术对扩增子进行测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析。通过Spearman相关性分析菌群与多糖含量的相关性。结果 多花黄精内生菌测序共获得90 628条有效序列和5 287个OTU,稀释曲线和Coverage指数反映测序结果比较全面地覆盖了多花黄精内生细菌群落。Alpha多样性分析表明,其内生细菌多样性程度高。在门水平,其优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria) ......
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