肠道病毒的PCR检测方法评价与改进(2)
Reed-Muench法:观察CPE, 找出能引起半数细胞瓶或管感染的病毒稀释倍数,按以下公式计算出该病毒液的TCID50。
logTCID50=高于50%的病毒稀释度的对数+距离比例×稀释系数的对数距离比例=(高于50%的百分数-50%)/(高于50%的百分数-低于50%的百分数)。
1.3 统计方法
选用统计学软件SPSS13.0对试验数据实施系统化处理,运用χ2对试验所得计数数据进行检验。当对比差异P<0.05时,差异有统计学意义。
2 结果
2.1 PCR检测方法与病毒分离检测方法
50例患者中通过PCR检测方法检测出EV-RNA阳性的为20例,检出率为40%;病毒分离法分离出病毒4株,检出率为8%,其中CoxB 1型为1株、4型为2株、埃可病毒15型为1株。在PCR检测方法检测的20例阳性中,分离病毒检测出其中阴性的12例,两者共同检测为阳性的4例,两者共同检测为阴性的为34例,总符合率为81.9%(见表1)。两种方法对比之后差别非常显著,差异χ2=8.748,P<0.05,有统计学意义。对照组中的20例,病毒分离没有分离出病毒,PCR检测方法检测出阳性1例,误差率为2%。
, 百拇医药
表1 PCR检测方法与病毒分离检测方法检测结果[n(%)]
2.2 ELISA检测方法与中和CoxB V中和抗体检测方法
50例患者中用ELISA方法检测阳性为12例,阳性率为24%;CoxB V中和抗体检测出阳性为10例,阳性率为20%;两种方法检测都为阳性的共10例。ELISA检测为阳性的12例中,CoxB V中和抗体检测方法检测为阴性的共2例,两种方法都为阴性的35例,总符合率为96.8%,两种方面差异无统计学意义(χ2=0.149,P>0.05)。见表2。
表2 ELISA检测与中和CoxB V中和抗体检测结果[n(%)]
3.4 对比结果
通过上述的实验结果表明,PCR能够更加快速、特异与可靠的进行诊断,在当天就能够得到检测结果。在50例患者中阳性20例(40%),而病毒分离仅仅4例(8%)。在病毒分离阳性的4例中,PCR阳性4例,此外的16例PCR阳性病例病毒分离全部为阴性,因此PCR的敏感度较高,差异有统计学意义(χ2=8.748,P<0.05)。
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3 讨论
PCR是体外DNA或RNA扩增的方法,这种扩增具有选择性[7]。通过对特定的微生物物种的特异性基因区域进行体外扩增,然后通过一定的DNA分析技术确定微生物的种类与含量。PCR反应主要包括三个阶段:对目标DNA系列进行加热变性;引物退火复性;在聚合酶作用之下DNA进行引物延伸。PCR检测方法特异性高,能够在较高的温度之下进行连续反应;敏感度高能够将微量的把DNA进行百万倍以上的扩增,能够满足检测分析所需要的DNA数量;反应速度快,PCR能够在2 h内完成30次左右的循环扩增;可扩增RNA或cDNA,能够利用寡脱氧胸昔引物和逆转录酶将mRNA转变成单链cDNA,再将单链cDNA进行扩增,在mRNA很少的情况之下也能够进行序列分析。通用引物PCR特点为使用一对引物对多个模板进行同时扩增,但扩增产物大小相同,难以区分。多重PCR采用多对引物对多个模板同时扩增,按照产物片段不同长度进行鉴别,但是引物多,结果会产生一定差异。该研究肠道病毒检测中将二者结合,取长补短。
, 百拇医药
袁长青[7]等人研究发现,PCR检测方法是利用肠道病毒的特异性引物检测标本中和肠道病毒RNA同源的基因序列,将其作为判断结果的依据。对DNA进行重复的扩增之后检测方面的灵敏度能够增加大10-5~10-6 μg。该研究结果显示, 50例患者中通过PCR检测方法检测出EV-RNA阳性的为20例,检出率为40%,这说明PCR检测方法具有特异性高、敏感度高、速度较快,能够更加快速、特异与可靠的进行诊断。
朱坤[8]等人指出,在肠道病毒的PCR检测过程中也会出现一些问题。主要包含:假阳性问题,是指不应该出现阳性结果时出现了阳性结果;假阴性问题,是指在应该出现阳性结果的时候并没有出现阳性结果。该研究结果显示,在PCR检测方法检测的20例阳性中,分离病毒检测出其中阴性的12例,两者共同检测为阳性的4例,两者共同检测为阴性的为34例,总符合率为81.9%。由此可见,PCR技术灵敏度、特异性等方面有了较大的发展,而且已经在分子生物学等学科中得到了广泛的使用,有着不可比拟的优越性。虽然在某些方面依旧存在着一些局限性,但是随着PCR技术与其他各项技术的不断发展,将能够弥补这些缺陷,成为生物技术发展领域的趋势所在。
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[参考文献]
[1] 张崇森,刘永军,王晓昌.环境水体中肠道病毒的膜吸附一洗脱浓缩方法的研究[J].环境科学,2007,28(7):1543-1547.
[2] 费选文,林祥伟,谢若男.应用4种方法检测肠道病毒的结果分析[J].海峡预防医学杂志,2009,9(1):45-46.
[3] 裘湛,闻岳,黄翔峰.PcR-DGGE技术在水解酸化缺氧法处理采油废水的微生物研究中的应用[J].环境污染与防治,2006,28(6):439-442.
[4] 吴小兵,董小岩,伍志坚.一种快速高效分离腺病毒伴随病毒的方法[J].科学通报,2010,45(19):2071-2075.
[5] 沈晓丽.点免疫结合试验测定柯萨奇病毒B组抗体在临床的应用[J].中华心血管杂志, 2011 ,20( 2):1129-1134.
[6] 牛玉宏,杨英珍,虞勇.肠道病毒基因实时定量RT-cR方法的建立[J].复旦学报(医学科学版),2001,28(6):542-544.
[7] 袁长青,叶建锋,李君文.改进的PCR技术快速检测水中肠道病毒的研究[J].中国卫生检验杂志,2011,12(4):132-133.
[8] 朱坤,高秀杰,邓中平,等.肠道病毒71型实时荧光RT-PCR检测方法的建立及临床评价[J].热带医学杂志,2010,16(5):414-415.
(收稿日期:2014-09-15), 百拇医药(王芳)
logTCID50=高于50%的病毒稀释度的对数+距离比例×稀释系数的对数距离比例=(高于50%的百分数-50%)/(高于50%的百分数-低于50%的百分数)。
1.3 统计方法
选用统计学软件SPSS13.0对试验数据实施系统化处理,运用χ2对试验所得计数数据进行检验。当对比差异P<0.05时,差异有统计学意义。
2 结果
2.1 PCR检测方法与病毒分离检测方法
50例患者中通过PCR检测方法检测出EV-RNA阳性的为20例,检出率为40%;病毒分离法分离出病毒4株,检出率为8%,其中CoxB 1型为1株、4型为2株、埃可病毒15型为1株。在PCR检测方法检测的20例阳性中,分离病毒检测出其中阴性的12例,两者共同检测为阳性的4例,两者共同检测为阴性的为34例,总符合率为81.9%(见表1)。两种方法对比之后差别非常显著,差异χ2=8.748,P<0.05,有统计学意义。对照组中的20例,病毒分离没有分离出病毒,PCR检测方法检测出阳性1例,误差率为2%。
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表1 PCR检测方法与病毒分离检测方法检测结果[n(%)]
2.2 ELISA检测方法与中和CoxB V中和抗体检测方法
50例患者中用ELISA方法检测阳性为12例,阳性率为24%;CoxB V中和抗体检测出阳性为10例,阳性率为20%;两种方法检测都为阳性的共10例。ELISA检测为阳性的12例中,CoxB V中和抗体检测方法检测为阴性的共2例,两种方法都为阴性的35例,总符合率为96.8%,两种方面差异无统计学意义(χ2=0.149,P>0.05)。见表2。
表2 ELISA检测与中和CoxB V中和抗体检测结果[n(%)]
3.4 对比结果
通过上述的实验结果表明,PCR能够更加快速、特异与可靠的进行诊断,在当天就能够得到检测结果。在50例患者中阳性20例(40%),而病毒分离仅仅4例(8%)。在病毒分离阳性的4例中,PCR阳性4例,此外的16例PCR阳性病例病毒分离全部为阴性,因此PCR的敏感度较高,差异有统计学意义(χ2=8.748,P<0.05)。
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3 讨论
PCR是体外DNA或RNA扩增的方法,这种扩增具有选择性[7]。通过对特定的微生物物种的特异性基因区域进行体外扩增,然后通过一定的DNA分析技术确定微生物的种类与含量。PCR反应主要包括三个阶段:对目标DNA系列进行加热变性;引物退火复性;在聚合酶作用之下DNA进行引物延伸。PCR检测方法特异性高,能够在较高的温度之下进行连续反应;敏感度高能够将微量的把DNA进行百万倍以上的扩增,能够满足检测分析所需要的DNA数量;反应速度快,PCR能够在2 h内完成30次左右的循环扩增;可扩增RNA或cDNA,能够利用寡脱氧胸昔引物和逆转录酶将mRNA转变成单链cDNA,再将单链cDNA进行扩增,在mRNA很少的情况之下也能够进行序列分析。通用引物PCR特点为使用一对引物对多个模板进行同时扩增,但扩增产物大小相同,难以区分。多重PCR采用多对引物对多个模板同时扩增,按照产物片段不同长度进行鉴别,但是引物多,结果会产生一定差异。该研究肠道病毒检测中将二者结合,取长补短。
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袁长青[7]等人研究发现,PCR检测方法是利用肠道病毒的特异性引物检测标本中和肠道病毒RNA同源的基因序列,将其作为判断结果的依据。对DNA进行重复的扩增之后检测方面的灵敏度能够增加大10-5~10-6 μg。该研究结果显示, 50例患者中通过PCR检测方法检测出EV-RNA阳性的为20例,检出率为40%,这说明PCR检测方法具有特异性高、敏感度高、速度较快,能够更加快速、特异与可靠的进行诊断。
朱坤[8]等人指出,在肠道病毒的PCR检测过程中也会出现一些问题。主要包含:假阳性问题,是指不应该出现阳性结果时出现了阳性结果;假阴性问题,是指在应该出现阳性结果的时候并没有出现阳性结果。该研究结果显示,在PCR检测方法检测的20例阳性中,分离病毒检测出其中阴性的12例,两者共同检测为阳性的4例,两者共同检测为阴性的为34例,总符合率为81.9%。由此可见,PCR技术灵敏度、特异性等方面有了较大的发展,而且已经在分子生物学等学科中得到了广泛的使用,有着不可比拟的优越性。虽然在某些方面依旧存在着一些局限性,但是随着PCR技术与其他各项技术的不断发展,将能够弥补这些缺陷,成为生物技术发展领域的趋势所在。
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[3] 裘湛,闻岳,黄翔峰.PcR-DGGE技术在水解酸化缺氧法处理采油废水的微生物研究中的应用[J].环境污染与防治,2006,28(6):439-442.
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[5] 沈晓丽.点免疫结合试验测定柯萨奇病毒B组抗体在临床的应用[J].中华心血管杂志, 2011 ,20( 2):1129-1134.
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[7] 袁长青,叶建锋,李君文.改进的PCR技术快速检测水中肠道病毒的研究[J].中国卫生检验杂志,2011,12(4):132-133.
[8] 朱坤,高秀杰,邓中平,等.肠道病毒71型实时荧光RT-PCR检测方法的建立及临床评价[J].热带医学杂志,2010,16(5):414-415.
(收稿日期:2014-09-15), 百拇医药(王芳)