從各种标本中培养或找到新型隐球菌，是诊断该病的重要依据。痰培养的阳性率低于 30%，而且新型隐球菌可以在呼吸道内寄殖，因此痰培养发现病原体诊断价值有限。该研究中所有患者痰培养标本均未检出新型隐球菌。血清隐球菌荚膜抗原测定特异性较高，有助该病的诊断。该研究中，16例PC患者中血清隐球菌荚膜抗原阳性12例(占75.00%)。此外，纤维支气管镜活检、经皮超声或 CT 引导下穿刺活检、开胸活检或手术切除获得组织找到新型隐球菌，可以确诊。在临床上PC的组织病理学最为常见的改变类型有3种，第一种是孤立性肉芽肿型或者说是肺炎性，对于免疫功能正常的患者，最为常见的是孤立性肉芽肿型，在初期的表现为聚集成堆的隐球菌菌体，在晚期的表现为患者体内的吞噬细胞内含有被吞噬的隐球菌，对于免疫力低下的患者，作为常见的是粟粒性肉芽肿型、肺炎型[13]。如果采用的是常规的染色，在实际的诊断时容易漏诊；采用PAS染色或者是六胺银染色可以提高阳性概率，在电子显微镜下可以更加容易发现隐球菌[14] ......