基于公共数据库分析脯氨酸羟化酶3在非小细胞肺癌中的表达及预后价值
结果显示,病理,1材料与方法,1Oncomine数据库,2GEO数据库,3Kaplan-MeierPlotter(KMplotter)数据库,4SurvExpress数据库,2结果,1PHD3m
秦远,黄丹丹,付彬玉,罗杨坤610041成都,四川省肿瘤医院·研究所,四川省癌症防治中心,电子科技大学医学院 放疗中心
非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer ,NSCLC)是肺癌最常见的组织学类型,可进一步分为鳞癌、腺癌和大细胞癌,约占所有肺癌病例的80%~85%[1]。近年来NSCLC发病率不断增高,是癌症致死率最高的肿瘤,约75%患者发现时已处于中晚期,预后较差[2]。目前NSCLC治疗决策及预后预测主要依靠的是以解剖信息为基础的TNM分期系统[3]。寻找能够反映肿瘤生物学特征的分子标记可能会更好地进行预后判断从而提高NSCLC的生存率。缺氧是肺癌常见的生物学特征,诱导缺氧诱导因子(hypoxia inducible factor,HIF)表达的增加。高表达HIF与肿瘤的恶性程度、治疗抵抗和较差预后相关[4-5]。而HIF的稳定性是由脯氨酰羟化酶(prolyl hydroxylase,PHD) 紧密调节,该酶属于双加氧酶超家族成员,分为PHDl、PHD2和PHD3亚型,羟基化HIF的2个脯氨酸残基,是HIF氧依赖性降解的关键酶[6]。其中PHD3受缺氧诱导表达最强,且在缺氧状态下仍能保持其酶活性[7]。既往研究显示PHD3(又名egl-9 family hypoxia inducible factor 3,EGLN3)在多种肿瘤中异常表达,在抑制肿瘤生长及促进肿瘤细胞凋亡中具有重要作用且与预后相关[4, 8-10]。但仅有很少的研究探索了PHD3在NSCLC中的预后价值[11-12]。本研究利用ONCOMINE和GEO (Gene Expression Omnibus)数据库分析PHD3在NSCLC组织中的表达情况,并使用KaplanMeier Plotter和SurvExpress数据库来探索其预后价值。
1 材料与方法
1.1 Oncomine 数据库
ONCOMINE基因表达阵列数据库 (www.oncomine.org), 是一个在线的癌症微阵列数据库以及数据挖掘平台。在本研究中此数据库被用来分析PHD3 mRNA在NSCLC肿瘤及正常组织中的表达水平[13],应用Students’t-test 分析PHD3 mRNA两者间的表达差异。临界值设定:P值为0.01;倍数变化为2。结果采用柱状图表示。
1.2 GEO 数据库
为研究PHD3 mRNA表达与NSCLC临床病理参数的关系 ......
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