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编号:1204315
基于Oncomine数据库荟萃分析COL1A2在胃癌患者中的表达及其临床意义
http://www.100md.com 2019年7月30日 肿瘤预防与治疗 2019年第6期
基因,1材料与方法,1基于Oncomine数据库筛选目标基因,2数据提取,3KaplanMeier-Plotter(http:,kmplot.com,analysis,)在线生存分析
     肖毓,张洪攀,谭榜宪

    637000 四川 南充,川北医学院 临床医学系(肖毓、张洪攀),医学影像学院(谭榜宪);637000 四川 南充,川北医学院附属医院 肿瘤科(谭榜宪)

    胃癌是起源于胃黏膜上皮的恶性肿瘤,是世界上最常见的恶性肿瘤之一。根据GLOBOCAN 2018数据,2018年胃癌新发病例超过1 000 000例,占全球肿瘤发病率的第5位,其中死亡病例达到783 000例,占全球恶性肿瘤导致死亡的第3位[1]。早期胃癌检出率低,约40%的胃癌患者在确诊时已为晚期[2]。目前,化疗是晚期胃癌患者的首选治疗方法,但化疗药物不良反应重,耐药率高。作用于特定靶点的靶向药物因其药物不良反应较轻、耐药率低、患者服药方便等优点成为治疗晚期胃癌的新治疗手段之一[3]。因此从分子水平研究胃癌发生发展的机制有利于发现关键靶点,开发新的靶向药物,有利于延长患者生存时间、改善患者生活质量。

    纤维胶原家族中有多种成员,其中Ⅰ型胶原α2链(collagen type1 alpha2,COL1A2)基因编码的I型胶原是最广泛表达于人体的胶原,它起到支撑基质结构的作用,形成大多数实体肿瘤的间质部分。研究发现,COL1A2基因主要通过细胞外基质受体互作通路和局部黏附通路,影响细胞的增殖、分化、黏附和转移,主要与肿瘤的侵袭和转移相关[4- 5]。多项研究显示COL1A2的表达可能与胃癌的发生、发展有关,但由于研究方法、样本量及人群的差异,其结论可靠性较低,且其表达水平与患者预后之间的关系目前尚不清楚。因此我们在Oncomine数据库中深度挖掘胃癌的基因芯片中与COL1A2表达有关的数据,二次荟萃分析COL1A2在胃癌中的表达及预后。

    1 材料与方法

    1.1 基于Oncomine数据库筛选目标基因

    筛选条件为:①“Analysis Type:Cancer VS Normal Analysis”;②“Cancer type:Gastric cancer”;③“Data Type:mRNA”;④设定条件:over- expression。P<0.05为差异有统计学意义。

    1.2 数据提取

    设置的数据提取条件为:①“Gene:COL1A2”;②“Analysis Type:Cancer VS Normal Analysis”;③“Cancer Type:Gastric cancer”;④“Data Type:mRNA”;⑤临界值设定条件(Pvalue2,gene rank=top 10%) ......

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