基于数据挖掘分析LUM基因在胃癌中的表达及意义*
胞外基质,甲基化,1资料与方法,1胃癌中的基因表达差异性分析,2LUM基因在肿瘤组织中的表达差异分析,3LUM基因在胃癌中基因表达荟萃分析,4基于MethHC数据库的甲基化分析,5基于GEPIA数据库的生存分析
彭帅,田敏秀,王珊珊,李慧敏,沈磊430060武汉,武汉大学人民医院 消化内科
胃癌是最常见的恶性肿瘤之一,早期缺乏特异性症状与体征,故检出率较低, 影响患者预后,目前仍是癌症死亡的第二大原因[1-2]。在中国,大多数患者被诊断时已为晚期胃癌,只有10%的患者为早期胃癌,5年生存率仅为10%~30%[3]。胃癌的发生发展是由多种基因异常积累导致的多步骤复杂过程,侵袭性和转移性是导致胃癌高死亡率的主要原因[4]。蛋白聚糖作为细胞外基质的重要成分,参与癌症的发生和侵袭。富含亮氨酸的低分子聚糖(small leucine-rich proteoglycan,SLRP)不仅调节细胞外渗透压,并且在肿瘤生长、增殖、粘附、迁移和调节生长因子活性中起显著作用[5]。作为SLRP的重要成员,基膜聚糖(Lumican,LUM)被认为可以修饰纤维组织并诱导肿瘤特异性细胞外基质[6];LUM在多种组织中表达,包括皮肤、动脉、椎间盘、肾脏、骨骼、主动脉、角膜、肺和结直肠癌等[7]。LUM的表达与多种恶性肿瘤的生长和转移密切相关。最近的研究表明,在乳腺癌中,LUM基因的高表达水平与肿瘤分级、低雌激素受体表达和年龄有关[8];但在黑色素瘤中,LUM抑制黑色素瘤的发展,并起到抑癌基因的作用[9]。LUM在肿瘤组织中的异常表达表明其可能在癌症的发病机制和进程中起作用,但LUM促进胃癌发生的具体机制尚未完全阐明[7]。本研究通过数据库挖掘的方法,分析LUM在胃癌发病中的作用及其对患者预后的影响。
1 资料与方法
1.1 胃癌中的基因表达差异性分析
利用Oncomine数据库(https://www.oncomine.org)分析胃癌组织与癌旁正常组织中mRNA的差异性表达。筛选条件:①“Analysis Type: Cancer VS Normal‘’;②“Cancer type: Gastric cancer”;③“Data Type: mRNA”;④设定条件:over-expression ......
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