非IgA系膜增生性肾小球肾炎患者全基因组miRNA表达谱的特征(2)
1.3 sRNA文库的制备与Illumina测序
分别将两组样本进行同组等量混合,总量要求≥10 μg,用于后期制备sRNA文库。15%PAGE电泳分离并纯化出长度为18~30 nt的sRNA分子,经过RT-PCR扩增制备生成sRNA文库,然后用Illumina HiSeqTM 2000测序仪对其进行深度的测序。
1.4 sRNA的数据处理和注释
对测序所得到的50 nt长度序列处理后得到干净序列,统计sRNA的种类及数量,进行序列长度分布与样品公共序列统计。使用SOAP 3.0软件比对,得到已知rRNA、scRNA、snoRNA、snRNA、piRNA、tRNA、mRNA降解片段,重复序列等所占的比例。再将比对后的sRNA序列进一步与miRNA数据库(miRBase 21.0)(http://www.Mirbase.org/)中人的miRNA序列比对,获取样品中已知miRNA含量,并对丰度等信息进行表达[7] ......
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分别将两组样本进行同组等量混合,总量要求≥10 μg,用于后期制备sRNA文库。15%PAGE电泳分离并纯化出长度为18~30 nt的sRNA分子,经过RT-PCR扩增制备生成sRNA文库,然后用Illumina HiSeqTM 2000测序仪对其进行深度的测序。
1.4 sRNA的数据处理和注释
对测序所得到的50 nt长度序列处理后得到干净序列,统计sRNA的种类及数量,进行序列长度分布与样品公共序列统计。使用SOAP 3.0软件比对,得到已知rRNA、scRNA、snoRNA、snRNA、piRNA、tRNA、mRNA降解片段,重复序列等所占的比例。再将比对后的sRNA序列进一步与miRNA数据库(miRBase 21.0)(http://www.Mirbase.org/)中人的miRNA序列比对,获取样品中已知miRNA含量,并对丰度等信息进行表达[7] ......
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