利用文本挖掘技术和生物信息学方法研究鹿茸生物学功效(2)
1 资料与方法1.1 数据集成
对中国知网、万方数据知识服务平台现有关于鹿茸的基因表达调控作用相关文献进行挖掘,得到鹿茸对基因表达的调控数据,然后进行数据清洗,去掉重复项,再利用NCBI Gene数据库对基因名称进行标准化。
1.2 网络图可视化分析
利用Cytoscape软件对鹿茸调控基因相关作用蛋白进行聚类分析,制作蛋白互作网络。
1.3 关联分析
利用本团队研发的“疾病-基因-化合物”分析平台进行关联分析,得到疾病治疗的适应证和禁忌证。该平台根据疾病对人基因的表达变化以及化合物对基因的表达变化之间的关系进行关联分析,实现以药找病、以病找药。目前该平台使用已经趋于成熟,利用该平台可以发现药物的全新作用,团队已有类似的研究[7]。
1.4 聚类分析
使用DAVID(the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)在线分析工具通过超几何分布方法对标准化后的鹿茸基因表达数据进行KEGG通路功能富集分析 ......
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