福州2009—2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因进化分析(2)
1.3 引物设计与合成 核酸扩增及序列测定引物参照WHO提供的HA基因组测序引物[5]。1.3.1 核酸提取与cDNA的制备 病毒核酸提取在生物二级实验室进行,采用TAKARA公司的一步法试剂盒。
1.3.2 HA基因扩增与分析 用于琼脂糖凝胶电泳法对PCR扩增产物进行分子量大小分析,并对PCR产物纯化回收后进行测序分析。
2 结果
2.1 病毒分离与鉴定 采集的6株2009-2014流感样标本,感染MDCK细胞3 d 左右后,CPE达到三个+时,收集细胞上清液进行实时荧光PCR进行H1N1亚型的确认。
2.2 HA序列测定与拼接 采用WHO提供的HA测序引物扩增的PCR产物进行测序,序列的拼接采用BioEdit生物软件,并用MEGA 4.0进行进化树分析。
2.3 HA基因进化树分析 6株H1N1流感病毒的HA基因核苷酸序列系统进化树分四个簇,见图1。其中福州地区流行的H1N1病毒的核苷酸序列主要来源于禽流感和季节性流感H1并与猪流感病毒重组形成新的H1N1流感病毒株 ......
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