福州2009—2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因进化分析(1)
福州2009—2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因进化分析,甲型流感病毒,血凝素,序列分析,进化树
【摘要】 目的:分析福州地区2009-2014年甲型H1N1流感病毒株的HA基因序列和遗传特征。方法:采集流感样病例的咽拭子标本,用MDCK细胞培养法和Real-time RT-PCR法对6株分别来自2009-2014年的病毒株进行病毒分离、鉴定,HA基因片段通过RT-PCR法进行扩增后克隆到pMD18-T载体上,并测定6株病毒株的HA基因序列。通过生物软件BioEdit对该分离株和GenBank中相关毒株的序列进行基因进化树分析。结果:6株分离株的HA基因推导氨基酸序列与参考株A/California/04/2009相比,2009-2014年HA1区氨基酸发生了突变,主要是位于136、145、188、189、192和193位点。结论:近几年,福州地区H1N1流感的HA基因序列与世界流行的病毒参考株具有高度同源性,并多处氨基酸发生替换而产生抗原性漂移。【关键词】 甲型流感病毒; 血凝素; 序列分析; 进化树
【Abstract】 Objective:To investigate HA genetic characteristic of influenza type A H1N1 virus in Fuzhou from 2009 to 2014.Method:Acquisition of influenza like cases of throat swab specimens by MDCK cell culture method and Real-time RT-PCR method in 6 strains from 2009 to 2014 were isolated and identified. The HA gene fragment was amplified and cloned into pMD18-T vector by RT-PCR method ......
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