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编号:476423
网络药理学联合生物信息学及分子对接探索黄芪甲苷抗肝癌的作用机制
http://www.100md.com 2023年8月17日 现代药物与临床 2023年第7期
靶点,1材料和方法,1黄芪甲苷靶点获取,2TCGA和GEO数据处理及肝癌靶点获取,3黄芪甲苷抗肝癌靶点预测及富集分析,4核心靶点筛选,5分子对接,2结果,1黄芪甲苷靶点预测结果,2肝癌靶点预测结果
     张晖汉,邓弘扬,徐小东

    兰州大学第二医院 普通外科,甘肃 兰州 730030

    肝癌是全球最常见的恶性肿瘤之一,也是癌症相关死亡的第3 大原因,5 年生存率仅为18%[1],即使施行了首次根治性切除,肝癌的5 年复发率仍高达70%[2]。经动脉化疗栓塞术的重复使用以及索拉菲尼化疗也对肝癌患者产生诸多负面影响[3]。随着现代医学的发展,传统中药及其药效成分具有的抗癌活性及其较小的细胞毒性逐渐受到了广泛关注[4]。《神农本草经》曾记载黄芪有健脾益气固表、脱毒生肌、利尿排脓等功效[5]。黄芪甲苷作为一种芳香族皂苷,是黄芪的最重要的药效成分之一。有研究表明,黄芪甲苷在神经保护[6]、抗纤维化[7]、抗炎[8]、抗氧化应激[9]及抗肿瘤[10]方面有广泛的药效作用。最近,多项研究报道黄芪甲苷在抗肝癌方面显示出了良好前景[11-13],但其具体作用机制尚不清楚,缺乏系统性研究。本研究利用生物信息学肝癌患者测序样本及网络药理学[14]联合分子对接的方法对黄芪甲苷抗肝癌的作用分子机制系统性探索,旨在为肝癌的临床治疗和基础研究提供新思路。

    1 材料和方法

    1.1 黄芪甲苷靶点获取

    在 CTD 数据库[15]和 OMIM 数据库[16]以“astragaloside IV”为关键词检索黄芪甲苷的作用靶点。从PubChem 数据库检索黄芪甲苷“SDF”格式二维结构式,并将其输入PharmMapper 数据库[17],依据结构预测黄芪甲苷靶点。用“org.Hs.eg.db”R包将靶点统一转换为“Gene Symbol”格式,转换失败的靶点剔除,以3 个数据库所得结果合并后作为所有黄芪甲苷药效靶点。

    1.2 TCGA 和GEO 数据处理及肝癌靶点获取

    从TCGA 数据库下载TCGA-LIHC 数据集转录组数据,其中包含了371 例肝癌组织和53 例癌旁组织。从GEO 数据库下载GSE14520 数据集转录组数据[18],其中包含225 例肝癌组织和220 例癌旁肝组织。以R 语言“limma”包行差异分析 ......

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