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编号:643646
全转录组揭示化合物M6对谷氨酸棒状杆菌基因表达的影响
http://www.100md.com 2022年8月15日 宁夏医科大学学报 2022年第7期
抗菌肽,菌液,阳离子,1材料与方法,1菌种,培养基及试剂,2方法,2结果,1M6结构特征及抗菌谱,2M6对Cg和Ms的MIC,3测序数据质量评估,4M6干预Cg后的DEGs,5DEGs的GO功能和KEGG通
     杨 丽,唐 静,李晓雨,梁 彤,秦闫燕,林 源,杨延辉

    (宁夏医科大学基础医学院,宁夏回族自治区常见传染病防治重点实验室,银川 750004)

    通过高通量药物筛选获得一类具有显著抗结核作用的[N-(1,3,4- 二唑-2-)苯甲酰胺]化合物(M6),其对MTB H37Rv菌株的最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)为0.062 5μg·mL-1。M6结构中含有1,3,4- 二唑杂环,该母核的其他衍生物已经用于抗细菌、抗真菌和抗病毒等药物合成[3-5]。并且M6对敏感和耐药的MTB均具有相似的MIC,与现有的抗结核药物不存在交叉耐药。因此,筛选M6所影响的细菌信号通路,将有可能为开发新型抗结核药物提供候选分子及潜在的药物作用靶点。

    本研究展示了M6的分子结构,测定了M6的抗菌谱;选用MTB模式菌谷氨酸棒状杆菌(corynebacterium glutamicum,Cg)和耻垢分枝杆菌(mycobacterium smegmatis,Ms)以确定M6的敏感菌株,用1/2 MIC的化合物M6和相同浓度的二甲基亚砜(dimethyl sulfoxide,DMSO)溶剂处理24 h的Cg,分别作为样品和对照,进行转录组测序;提取Cg样品和对照的总RNA,用Illumina HiseqTM3000高通量测序平台进行RNA-seq测序分析。通过差异表达基因(different expression genes,DEGs)分析、GO功能和KEGG通路及蛋白质互作网络分析,初步筛选显著差异表达的基因,并对筛选的基因进行功能分析,获得M6所影响的主要通路和关键蛋白,以期为深入研究M6的抗菌作用机制提供候选基因。

    1 材料与方法

    1.1 菌种、培养基及试剂

    1.1.1 菌种 Cg ATCC13032和Ms MC2155由中国医学科学院医药生物技术研究所肖春玲研究员惠赠;金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌、枯草芽孢杆菌、大肠埃希菌、绿脓杆菌、变形杆菌、肺炎克雷伯杆菌、白色念珠菌和黑曲霉由实验室提供并保存;结核分枝杆菌H37Rv标准株活性检测委托北京市结核病胸部肿瘤研究所完成。

    1.1.2 培养基及配方 脑心浸液肉汤培养基(brain heart infusion broth,BHI)、脑心浸液肉汤固体培养基(brain heart infusion broth agar,BHIA)、7H9和7H10均为混合粉剂,根据使用说明加蒸馏水溶解;121℃高压灭菌15 min ......

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