中国首例境外输入性新冠肺炎病例SARS-CoV-2全基因组序列分析
谱系,宁夏,变异,1资料与方法,1病历资料,2SARS-CoV-2核酸检测,3文库制备及高通量测序,4病毒全基因组获取,5生物信息学分析,2结果,1流行病学调查,2实时荧光RT-PCR检测结果
蒯文和,马江涛,刘 翔,马学平,曹 慜,张银豪,赵建华(宁夏疾病预防控制中心,银川 750004)
新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)是由新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)SARS-CoV-2引起的急性传染病[1],已形成全球大流行,每日都有新增和死亡病例的报道[2],严重危害人类健康。随着国内新冠肺炎疫情的有效控制和境外输入病例的不断发现,加强输入病例防控成为我国现阶段防控的主要任务。本文通过对2020年2月25日宁夏发现的中国首例境外输入病例开展回顾性全基因组分析,旨在从分子水平解释该病例标本的病毒基因特点和变异情况,为后续国内输入性病例研究提供资料。
1 资料与方法
1.1 病历资料
丁某某,男性,23岁,未婚,户籍地为中卫市中宁县大战场乡清河村,入境前在伊朗从事翻译工作。2020年2月19日乘坐飞机从伊朗出发,2月20日中转莫斯科后抵达上海浦东机场,2月22日乘火车次日到达兰州,2月24日乘火车到达中卫后,医学隔离观察期间,咽拭子检测为新冠病毒核酸阳性。
1.2 SARS-CoV-2核酸检测
病例鼻咽拭子标本使用Qiagen公司病毒核酸RNA提取试剂盒(滤柱法),按照试剂盒说明书提取病毒RNA,提取物使用上海伯杰公司新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒(荧光PCR法)进行检测。
1.3 文库制备及高通量测序
利用Invitrogen公司的Invitrogen SuperScriptTMⅢFirst-Strand Synthesis SuperMix试剂盒使用随机引物(Random Hexamers,试剂盒自带)进行反转录,合成第一链,使用PCR仪和冰浴进行逆转录。反应体系为:RNA 6 μL,Random hexamers primer 1 μL,Annealing Buffer 1 μL;65℃5min ......
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