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编号:643526
宁夏人腺病毒临床标本的首次全基因组序列分析
http://www.100md.com 2022年2月15日 宁夏医科大学学报 2022年第12期
进化树,核酸,1材料与方法,1标本来源,2试剂与仪器,3标本核酸检测,4全基因组序列测定,5生物信息学分析,2结果,1实时荧光定量PCR检测结果,2核酸序列的同源性分析,3系统发育分析,4基因进化分析,5基因重组分析
     李宗倍,朱 亮,王新宁,吴忠兰

    (1.宁夏医科大学公共卫生与管理学院,银川 750004;2.宁夏环境因素与慢性病控制重点实验室,银川 750004;3.宁夏疾病预防控制中心,银川 750000;4.宁夏银川市金凤区疾病预防控制中心,银川 750000)

    人腺病毒属于腺病毒科哺乳动物腺病毒属,是无包膜的双链DNA病毒[1]。人腺病毒全基因组长约36 kb,在感染后的不同时间转录,生成早期(E)、中期(I)和晚期(L)区域转录产物[2]。目前,已知的腺病毒都呈二十面体结构,由7个不同的衣壳蛋白组成,包括3种主要衣壳蛋白(六邻体、五邻体以及纤维蛋白)和4种次要衣壳蛋白(Ⅲa、Ⅵ、Ⅷ和Ⅸ)[3]。截至目前,腺病毒可划分为7个亚属(A~G),包括111个基因型,其中人腺病毒C亚属包括HAdV-C1、HAdV-C2、HAdV-C5、HAdVC6、HAdV-C57、HAdV-C89、HAdV-C1047个基因型。

    人腺病毒是导致多种人类疾病的常见病原体,如急性呼吸道疾病、结膜炎、胃肠炎、泌尿系感染和脑膜脑炎等[4]。腺病毒占儿童呼吸道感染的2%~15%[5-8],并且呈逐年升高的趋势[9]。人腺病毒B(HAdV-B3、7、11、14、16、21和55)、C(HAdVC1、2、5和6)和E(HAdV-E4)亚属通常与急性呼吸道疾病有关,HAdV-C是幼儿急性呼吸道感染的主要病原体[10]。

    2020年,在宁夏中卫市海原县1例核酸检测阴性的发热患儿咽拭子标本中检测到人腺病毒。本课题组对此标本进行全基因组测序,并对其进行进化分析。

    1 材料与方法

    1.1 标本来源

    标本来源于2020年2月宁夏中卫市海原县1例有发热症状、新冠肺炎筛查时核酸检测阴性的2岁幼儿的咽拭子标本 ......

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