2 RNA-Seq技术在转录组研究中的应用

    2.1 新转录本预测和基因结构优化分析

    研究人员应用RNA-Seq技术对牦牛卵巢组织测序分析，发现共有7 340个基因的5′或3′端在原有基因组的位置基础上发生了延伸，同时还发现了6 321个新转录本，其中2 267个新转录本预测具有编码蛋白的能力[3]。Chen等[4]利用RNA-Seq技术对杂交猪的多种组织进行了测序分析，发现多数基因的5′或3′端发生了延伸，有的基因两端都发生了延伸，进一步优化了基因的结构。RNA-Seq技术对现有的基因集合进行充实和完善，通过测序数据与参考基因组的比对，发现一些新的基因区域，为进一步优化基因组结构信息及挖掘潜在的新基因提供了丰富数据。

    2.2 差异表达基因分析

    Fang等[5]通过RNA-Seq技术对中国家养蚕和野生蚕的丝腺进行了测序，比较发现有32个差异表达基因，家养蚕和野生蚕中各存在16个上调基因，为理解家养蚕和野生蚕丝绸生产差异的分子机制提供了基础。Xiang等[6]运用RNA-Seq技术分析了海鲈鱼受细菌攻击前后的转录组图谱，发现有1 224个基因表现出具有显著意义的上调或下调表达 ......