基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制*
靶点,通路,化合物,1材料与方法,2结果,3讨论
吴发胜,周尧红,何锦轶,李洲强,陈晓宇,陈慧,练祖平,侯恩存1.广西中医药大学附属瑞康医院,广西 南宁 530011;2.广西中医药大学,广西 南宁 530001
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,其发病率逐年上升,2018年全球新诊断乳腺癌患者约210万例,占所有新诊断癌症病例的24.2%,占所有与癌症相关女性病死率的15%[1],在女性恶性肿瘤中的病死率仅次于肺癌。近年来,临床对乳腺癌的治疗也越来越重视。中药具有疗效显著、不良反应小的特点,故在癌症领域受到广泛关注。
枳实是芸香科酸橙及其栽培品种或甜橙的干燥幼果,具有破气消积、化痰消痞的功效,且有“非枳实不能消痞”一说。临床上枳实被用于治疗诸多疾病[2-6]。枳实含有多种有效成分和作用的靶点,但由于其潜在的活性成分及在乳腺癌治疗中的作用机制尚不清楚,故本研究采用网络药理学和分子对接,进一步探讨枳实治疗乳腺癌的机制,并为其应用于肿瘤疾病提供一定思路。
1 材料与方法
1.1 枳实活性化合物收集与筛选采用中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)进行研究,以药物生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性(drug-likeness,DL)≥0.18为条件筛选枳实的活性化合物。
1.2 枳实化合物靶点收集将1.1中筛选出的活性化合物通过导入Drug Bank数据库(https://www.drugbank.ca/),进一步得到枳实化合物对应的作用靶点。
1.3 枳实化合物-靶点网络构建筛选出不重复的靶点,使用String数据库,输入靶点名称,并将物种限制为人类,最终得到所需靶点,利用Cytoscape3.7.2软件,构建枳实的化合物-靶点网络。
1.4 乳腺癌相关靶点的获取以“breast cancer”为检索词,使用Gene Cards(https://www.genecards.org/)、CTD(http://ctd.mdibl.org/)数据库检索得到乳腺癌的所有靶点,构建疾病数据库,筛选并剔除重复后得到目标靶点基因。
1.5 药物-疾病共同靶点的筛选及构建蛋白互作网络图利用Venn在线分析工具获得枳实和乳腺癌共同交集的靶点,并用Cytoscape3.7.2软件制作靶点相互作用网络图。
1.6 基因本体(gene ontology ......
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