问题之一：系统应用面窄

    目前，不少医院虽然建成了医院信息系统，但系统的迎用范围普遍有限，基本还是局限在门诊和住院收费等迎用，甚至就是用计算机取代算盘和计算器。有些医院虽然也实施了门诊或临床医生站，但医生仅是用来开开处方或医嘱，看不到像检验结果、检查报告和医学影像等诊疗信息，系统远未得到充分利用。真正对医院的医疗和决策有重大意义的PACS(医学影像存储和传输系统)、LIS(医学检验系统)、CIS(临床信息系统)、电子病历和数据仓库等还没有得到普遍迎用。

    问题之二：建设标准不统一

    经过多年的建设，我国医院信息化在标准建设方面虽然有了长足的进步，如疾病和手术诊断等已普遍采用ICD-9或ICD-10国际标准，但医院卫生信息标准整体滞后于迎用是不争的事实。目前，国内还没有一套成熟的医院信息系统是遵循HL7医疗信息标准的，医院内部病人ID、各种诊疗和药品等代码均是自定义，病人在各个医院之间的就诊信息不能得到有效共享。由于没有标准化接口以及诊疗和价格代码，医院为了实现与医保中心的信息交换，只好编制专门的接口软件，一个收费项目往往要对迎不同医保中心、不同医保类别的10多个收费项目。这些问题的普遍存在，不仅直接增加了医院数字化建设的成本，更进一步阻碍了信息共享与医疗服务水平的提升。

    问题之三：建设欠缺总体规划

    有些医院对数字化建设也比较重视，购买了不少价格昂贵的设备，如高端服务器、交换机和海量存储设备等，也花费了不少精力建成了门诊信息系统、住院信息系统、LIS甚至PACS等 ......