1990年吴咸中院士发表了“在高层次上发展中西医结合的思路和方法”，对临床诊治上的高层次结合提出了三项要求：(1)采用先进的诊断技术，作出明确的定位、定性及定量诊断；(2)采用中西医结合治疗后，取得优于单用西医或中医的治疗效果；(3)通过临床及实验室指标的动态观察或实验研究，能说明其疗愈机理。这对原来诊治内容与水平都提出了更高的要求。

    根据吴咸中在高层次上开展中西医结合研究的战略构想,南开医院以国际公认的两个外科难症即急性重症胆管炎和重型急性胰腺炎为主攻方向,进行多单位多学科的联合攻关,取得了国际先进的临床疗效,并阐明了其疗效机理。此外,通过引进内镜腹腔镜技术,胆系结石的治疗也已形成阶梯化治疗方案，并首创三镜联合治疗复杂性胆系结石的新方法,填补了国内外空白。中西医结合非手术疗法、微创外科技术和手术疗法,构成中西医结合急腹症治疗学的三大手段,完美结合，相得益彰,在国内外均产生了重要影响。

    在开展中西医结合研究中，吴咸中院士始终把继承、创新有机地结合在一起，指出中医和西医的结合、医学和药学的结合、传统方法与现代技术结合是学科创新发展的根本。在上世纪70年代初，B超、纤维胃镜与十二指肠镜在国外刚刚起步，他就敏锐地感知这项技术对于中西医结合的重大价值，立即派人到日本学习，并引进了相关设备器械，使中西医结合诊断达到先进水平。通过采用十二指肠镜逆行胆胰管造影和引流(ERCP+ENBD)联合中药“清解灵”治疗急性重症胆管炎(ACST)，使这一困扰肝胆外科的危重性疾病的病死率由当时的20%左右降到1.1%。这项工作是药物、手术、和微创技术三种治疗方法完美结合的范例，标志着中西医结合进入向高层次发展的阶段。上世纪90年代初，世界上刚刚开展腹腔镜技术，他再次感到这项技术对中西医结合腹部外科的潜在影响，并在国内首批开展了腹腔镜胆囊切除术。在他的指导下，应用腹腔镜、十二指肠镜技术开展肝外胆管结石的两镜联合手术和应用腹腔镜、十二指肠镜和胆道镜技术开展肝内外胆管结石的三镜联合手术，均取得了迅速的发展，居国内一流水平。在手术前后应用中医中药治疗加强了清热利胆效应，促进残存胆泥的排出，均获得良好临床疗效 ......