虽然，原位杂交技术是首先被FDA推荐的一种检测ALK融合基因技术。但它也存在许多不足之处。首先，该检测试剂盒的价格昂贵，不利于广泛推广采用，同时这种方法不能明确ALK融合基因的具体变异体。另外，对于操作和判读的要求较高，必须进行严格培训的诊断医生才能胜任。其次，多数的患者发现肿瘤时为晚期肺癌，此时已经失去手术机会，只能获取很小的活检组织，小活检组织很难保证每个视野具有足够的肿瘤细胞进行判断。所以，此方法严重的限制了对大多数非小细胞肺癌患者的大规模的筛查及诊断。

    免疫组化法 FISH检测法为FDA认证的克唑替尼处方使用推荐的检测方法。此技术最初被认为ALK融合基因检测的金标准。但由于FISH检测技术操作难度大，普及较为困难，以及其价格昂贵，此方法的用于ALK筛查面临较大的阻力。因此探索其他分子诊断检测方法成为必然。免疫组织化学法为病理医生熟悉，其操作简便易行，价格便宜等优点，成为潜在的筛查方法。通过大样本和不同抗体成功的证实免疫组化法也变成较好的筛查方法。免疫组化检测的生物前提是ALK基因异位和转化具有多个可能存在的配体导致ALK蛋白的过表达。ALK蛋白酪氨酸激酶是克唑替尼的靶点。 因此，可以直接合理评价药物。

    目前，ALK免疫组化检测法可以分为手动免疫组化法和由罗氏公司开发的Ventana全自动仪器操控两种方法。免疫组化检测法作为一种半定量实验方法，有经济、迅速、容易得出诊断性的实验结果的优点 ......