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编号:111937
基于生物信息学和机器学习探究生物钟相关基因在代谢相关性肝病中的表达及其意义
http://www.100md.com 2023年12月8日 中国医药科学 2023年第21期
调节,通路,1资料与方法,1数据来源,2差异基因筛选及功能富集分析,3通过机器学习筛选特征基因并对其诊断价值进行评价与验证,4统计学方法,2结果,1生物钟基因差异表达情况,2生物钟差异
     张 凯 张 峻 李诗琴 蒋 炜 王 超▲

    1.复旦大学附属中山医院厦门医院消化科,福建厦门 361015;2.复旦大学附属中山医院消化科,上海 200032

    2020国际专家小组新命名代谢相关脂肪性肝病(metabolic associated fatty liver disease,MAFLD)替代非酒精性脂肪性肝病,亚太肝脏研究协会也颁布了MAFLD相关诊疗指南[1-2]。目前MAFLD已成为全球最常见的慢性肝脏疾病,其对患者生活造成的影响与疾病负担也高于其他肝损疾病[3]。生物钟是机体维持正常生理和行为节律的调控机制,它由一系列生物钟相关基因所调节[4-5]。研究发现睡眠时间缩短会增加MAFLD的发病风险,这与昼夜节律紊乱有关[6-7]。生物钟参与调节糖脂代谢、炎症及氧化应激等过程,提示其可能在分子水平参与MAFLD的发病[8]。本研究通过生物信息学和机器学习方法进一步探究生物钟相关基因在MAFLD中的潜在关系。

    1 资料与方法

    1.1 数据来源

    数据集来自美国国立的生物信息中心GEO数据库。根据MAFLD的诊断标准[2],获得GSE89632数据集与GSE48452数据集。通过对目前发现的和人体生物节律调节有关的51个生物钟基因进行探究[9-10]。

    1.2 差异基因筛选及功能富集分析

    将数据集51个生物钟基因的表达情况进行筛选重组并制成表达矩阵,按照|log2 FC|>1和P< 0.05作为筛选标准 ......

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