基于GEO数据库对骨关节炎滑膜差异基因的筛选及生物信息学分析(2)
本研究从GEO数据库下载关节滑膜基因芯片数据GSE82107,并分为正常组和模型组,利用GEO2R在线对其处理分析。接着以P < 0.05和|logFC|≥2为差异基因的筛选标准,共获得差异基因490个,其中上调基因61个,下调基因429个。这也说明了OA发病机制的复杂性,其并不是简单的某个基因单独起作用,而是众多基因相互作用的结果。为了进一步揭示这些差异基因在OA中扮演的角色,笔者对这些异同基因进行功能GO分析和KEGG信号通路分析。基因功能GO分析结果显示,这些差异基因主要参与细胞分化、细胞生长、肌肉结构发育、糖皮质激素反应、骨骼肌器官发育、外部刺激反应、cAMP反应等众多生物学过程;主要参与调节蛋白结合分子功能;主要参与能肌原纤维、肌节、细胞外空间、T小管、肌浆网膜、跨膜转运蛋白等多种复杂细胞组件中。KEGG信号通路分析结果显示,这些差异基因主要涉及细胞外基质受体互作、近端肾小管重吸收碳酸氢盐、胃酸分泌、催产素、环磷酸腺苷/蛋白激酶G、脂肪细胞因子信号通路。细胞外基质受体互作信号通路与OA炎症反应有着密切关联[7] ......
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