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编号:13801700
基于GEO数据库分析类风湿关节炎及骨关节炎的关键基因(2)
http://www.100md.com 2020年10月1日 《风湿病与关节炎》 202010
     1 材料与方法

    1.1 GEO数据库 GEO数据库由美国国立生物技术信息中心(NCBI)创建并维护,该数据库收录了多种疾病的多组学原始数据可供用户下载及研究。本研究通过GEO数据库搜索获取RA及OA患者基因表达谱数据集GSE55235和GSE55457。GSE55235和GSE55457均包含了30例患者的基因表达谱数据集,其中10例为正常滑膜对照组织,10例为RA滑膜组织,10例为OA滑膜组织。采用R语言软件(https://www.r-project.org/)进行基因芯片质量分析和筛选差异基因。差异基因筛选采用R语言中的limma包对得到的基因表达谱矩阵文件进行差异基因筛选,以满足log2FC > 1或log2FC < -1,P < 0.05为候选差异基因。

    1.2 DAVID数据库 DAVID数据库(https://david.ncifcrf.gov/)是一个生物信息数据库,其整合了多种生物学数据和分析工具,为大量的基因或蛋白列表提供系统的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。本研究通过DAVID数据库对筛选得到的差异基因进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析和功能注释 ......
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