从《孙氏医案》所体现出孙一奎临证最大的特点是其辨证之精准与用药之灵活。故而后人常常以“巧发奇中”来概括孙氏医案的特点，《孙氏医案·孙君医案序》曰：“复集君所常治症以为案，余观其书，巧发而奇中，用愈甚精。”这一特点突出表现在其书中标有“有发明”“有大发明”的医案上，以下略举两则验案以说明。

    如《孙氏医案·新都治验·黄源金先生内人吐血泄泻发喘》，是《孙氏医案》中唯一标注“有大发明”者。本案中有孙一奎和余明甫等人的对话及孙氏之分析，对其辨治思想解说甚详。本案患者“病自仲夏吐血二碗余，初以芩、连、栀、柏、生地、芍药大寒之剂投之，一帖而止，未几则咳嗽彻昼夜。后师谓咳自吐血后 ......