EST所致穿孔以十二指肠穿孔多见[27]，切开范围过大、过深(超过胆管十二指肠壁段)或方向偏离(偏离镜下11点至1点方向)导致十二指肠乳头周围穿孔。EST后穿孔的主要症状是腹痛，可向腰背部放射并逐渐加剧，CT可较特征性地显示十二指肠周围炎性渗出及后腹膜积气，但因穿孔在后腹膜，早期确诊较困难，即使CT显示正常者也不能完全排除穿孔，且ERCP 后也可并发后腹膜积气，因此对临床怀疑有穿孔的患者应在必要时复查CT作出动态观察。

    十二指肠的较小穿孔可用金属夹夹闭穿破口，禁食、胃肠减压、鼻胆管引流、抑制胰液分泌、使用抗生素和静脉内营养，并密切观察患者腹痛症状及CT 检查看腹腔游离气体情况[28]。为尽量避免EST所致穿孔，目前多主张中切开，对乳头过小者可采用乳头括约肌气囊扩张术(EPBD)，带导丝的乳头切开刀由于可以控制切开速度和及时调整切开方向故能更安全有效地进行EST操作。

    与普通胃肠镜不同，侧视的十二指肠镜头位于侧边，同时内镜通过屈氏韧带时因肠道角度较锐，镜身容易将肠壁顶破导致十二指肠侧壁穿孔[29] ......