探究可变剪接对银屑病发病机制的影响
测序,样本,1材料与方法,2方法,3统计学分析,2结果,1质量检测结果,2差异表达基因,3差异表达功能富集分析,3讨论
张 倩,王慧琴,吴卫东*(1.石河子大学,新疆 石河子 832000;2.新疆维吾尔自治区人民医院皮肤性病科,新疆 乌鲁木齐 830001)
银屑病(psoriasis)是一种免疫介导的遗传病[1]。了解银屑病患者的免疫功能以及固有免疫与适应性免疫之间的相互作用有助于控制这种复杂的疾病。目前,研究者们开始致力于分析银屑病的基因表达。微阵列或RNA-seq 数据的差异表达分析显示,大量的编码和非编码基因在银屑病皮肤和健康对照皮肤之间存在差异表达[2]。一项基于RNA-Seq 的基因表达研究从银屑病皮损和正常皮肤的大量样本中发现了许多免疫系统中的差异表达基因[3]。基于RNA-Seq 数据的分析可以研究银屑病中的选择性剪接事件的变化。本研究将从RNA-Seq 技术角度探究是否存在相关RNA 结合蛋白,旨在寻找未发现的与银屑病发病机制相关的靶基因。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 研究样本 银屑病病变组样本取5 例,正常对照组样本取5 例,针对每个样本的比对结果用StringTie软件进行概率模型重建样本中的转录本合并各个重建的样本转录本进行汇总,进而生成一个可代表本项目样本转录情况的转录本集合。
1.1.2 试剂和仪器 DMEM 培养基,PBS 缓冲液(Thermo Fisher),胰酶(Thermo Fisher),1.5% 琼脂糖凝胶,NanoPhotometer?分光光度计,Qubit?3.0 Flurometer,安捷伦 2100 RNA Nano 6000 Assay Kit。
1.2 方法
1.2.1 利用RNA-Seq 数据的差异选择性剪接分析 用1 μg 总RNA 制 备RNA-seq 文 库 ......
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