赵小凯，竹俊兰，严浩，王慧利

    (温州医学院 生命科学学院，浙江 温州 325035)

    ·综 述·

    细菌sRNA功能、预测及鉴定方法的研究进展

    赵小凯，竹俊兰，严浩，王慧利

    (温州医学院 生命科学学院，浙江 温州 325035)

    细菌；sRNA；转录调控；生物信息学；综述文献

    生物体中除了mRNA、tRNA、rRNA三种我们熟知的RNA外，还存在大量的非编码RNA(non-coding RNA)。它们隐藏于基因组内的信息层，有学者称之为基因组内“暗物质”，不可见却执行着新层次调控基因表达的功能[1]。研究者在对非编码RNA的研究中发现了大量具有转录后调控功能的非编码小RNA，如MicroRNAs(miRNAs)、Small interfering RNAs(siRNAs)、Piwi-interacting RNAs(piRNAs)、ScanRNAs(scnRNAs)等。其中，长度40至500个核苷酸的非编码RNA通常定义为small RNA(sRNA)。sRNA广泛存在于细菌、古生菌和真核生物体内。起初，sRNA的研究主要集中在真核生物中，近些年才渐渐把注意力集中到原核生物，尤其是病原细菌。事实上，早在1967年，就有研究者通过对大肠杆菌体内所有的RNA进行标记，在聚丙烯酰胺凝胶上探测到细菌的第一个sRNA——6SRNA[2]。

    sRNA大部分位于两编码基因的间隔区域(IGR)，小部分位于3’UTR或5’UTR。通过运用多种实验方法和生物信息学方法发现，sRNA除了分布于核心基因组，有些sRNA甚至分布于插入序列、质粒、噬菌体和致病岛上。日前，在大肠杆菌基因组就已经发现了约80个sRNA，且大部分在相近的致病菌中是保守的。sRNA半衰期短，通常一种sRNA有多个靶基因或靶位点，可更精确、迅速地调控多种基因的表达，具有比蛋白质调控更多的优势。所以，生物体内的sRNA的鉴定及其调控机制的研究成为当今生物领域新的研究热点。现就细菌sRNA的功能，与其伴侣分子Hfq的关系，预测和实验验证方法的进展作一综述。

    1 细菌sRNA的功能

    细菌sRNA能与靶基因互补配对，并主要通过与mRNA翻译区结合影响mRNA的稳定性或者与mRNA的3’UTR结合调控mRNA的翻译来调控靶基因的表达和蛋白质的稳定性。研究表明，sRNA能通过上述转录后调控方式参与多种生物学过程，如对环境的应答、物质代谢、蛋白质的合成、致病性等。

    1.1 调控RpoS蛋白(RNA聚合酶的σ亚基)的sRNA细菌转录因子σ(RNA聚合酶的σ亚基)的编码基因rpoS ......