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编号:1428785
精子相关抗原9 B细胞及T细胞表位富集区预测
http://www.100md.com 2018年2月7日 温州医科大学学报 2018年第1期
抗原性,亲水性,1材料和方法,2结果,3讨论
     毛晨晨,叶思思,张特明,韩政,薛向阳,沈贤,3

    (1.温州医科大学附属第一医院 胃肠外科,浙江 温州 325015;2.温州医科大学 基础医学院,浙江温州 325035;3.温州医科大学附属第二医院 胃肠外科,浙江 温州 325027)

    肿瘤/睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA)主要表达在人类生殖系统组织和恶性肿瘤细胞表面,在正常组织中不表达或者很少表达。这其中,精子相关抗原9(sperm associated antigen 9,SPAG-9)是最常见的一种CTA,且可通过调控MAPK信号通路导致肿瘤的发生[1-2]。研究表明,SPAG-9在肾癌、乳腺癌、前列腺癌、肝细胞癌和大肠癌细胞上均存在过表达的现象[3-7],且在肾细胞癌、甲状腺癌和结肠癌等细胞株表面可以检测到SPAG-9,表明SPAG-9可能为分布于肿瘤细胞表面的膜蛋白[8-9]。另外,在宫颈癌、卵巢癌、结肠癌患者体内均可检测到针对SPAG-9的抗体[3-5]。由此,SPAG-9可能成为肿瘤免疫治疗研究的新靶点[9]。

    抗原表位,即抗原分子中决定抗原特异性的特殊结构或数个氨基酸残基。但是对于SPAG-9尚未有相关研究。本研究利用生物信息软件系统等预测分析了SPAG-9的B细胞优势表位以及人主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)限制的细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位,首次得到了SPAG-9的表位富集区,为SPAG-9表位疫苗的设计和研究提供理论依据。

    1 材料和方法

    1.1 SPAG-9优势B细胞表位预测

    1.1.1 SPAG-9的氨基酸序列:SPAG-9的氨基酸全长序列检索自SwissProt蛋白质数据库。

    1.1.2 SPAG-9的二级结构预测:利用EXPASY服务器提供的GOR、SOPMA、Scratch Protein Predictor(SPP)方法(http://www.expasy.ch/tools)对SPAG-9全长氨基酸序列的二级结构进行预测分析。

    1.1.3 SPAG-9跨膜区域预测:利用CBS服务器上的TMHMM方法(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)对SPAG-9全长氨基酸序列的跨膜区域进行预测分析。 ......

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