泡型包虫病患者血清miRNA差异表达初步分析※
测序,通路,1对象与方法,1研究对象,2检测方法,2结果,1小RNA长度分布,2差异miRNA表达分析,3差异表达miRNA火山图分析,4GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,3讨论
刘 佳,曹得萍,张雪飞,马俊英,马 霄,王永顺,雷 雯,王 威,詹培珍,张 震(1.青海大学医学院,青海 西宁 810001;2.青海省地方病预防控制所,青海 西宁 811602;3.青海省包虫病研究重点实验室,西宁 810001)
包虫病目前的诊断方式主要为超声学检查,辅助诊断方式为血清学检测。但超声检查对于操作人员的专业技术要求较高,而血清学检测方法又存在灵敏度和特异性问题。因此,寻找高灵敏度的早期泡型包虫病诊断生物学标志物十分必要。本研究采用Illumina高通量测序技术对泡型包虫病患者和健康者血清miRNA进行检测,并对差异表达miRNA调控的靶基因进行初步预测和功能及通路富集性分析。
1 对象与方法
1.1 研究对象
收集青海大学附属医院泡型包虫病患者血清样本3例,其中,男性1例,女性 2例,平均年龄为40.33±2.05岁。采集血清前患者均未行任何治疗。5例健康对照血清样本来自青海大学附属医院体检健康者,其中男性2例,女性3例,平均年龄为40±3.56岁。本研究已获得青海大学附属医院伦理委员会批准,研究对象均签署知情同意书。
1.2 检测方法
1.2.1 血清标本处理
在泡型包虫病患者治疗前和健康者体检时用一次性真空采血管采集空腹外周静脉血 5 mL离心(2000r/min)8 min,提取血清。
1.2.2 血清miRNA的提取
使用Trizol(美国Thermo Fisher Scientific公司)提取8份血清总RNA。使用超微量紫外分光光度计(NanoDrop ND-2000,美国Thermo Scientific公司)对提取后的样品总RNA进行质量检测,RNA的纯度以OD260/OD280值在1.8~2.0之间为合格 ......
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