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编号:1279525
青海湖微生物群落的共生模式 ※
http://www.100md.com 2019年7月9日 中国高原医学与生物学杂志 2019年第2期
类群,盐湖,1样品采集及处理,2基因组DNA提取与PCR扩增,3测序数据优化处理与OTU聚类,4Alpha多样性分析和样本与物种关系分析,5环境因子相关性分析,6共线性网络分析,7物种相关性分析,8序列提交,2结果,1青海湖理化
     石 晴,韩 睿,邢江娃,李永臻,沈国平,永 胜,朱德锐*

    (1.青海大学医学院基础医学研究中心,西宁 810016;2:青海大学农林科学院,西宁 810016)

    青藏高原的湖泊类型众多,按照湖泊水体的矿化度不同可分为淡水湖(1 材料与方法

    1.1 样品采集及处理

    课题组于2017年7月采集青海湖水样(附带盐湖底泥),采样点分别位于布哈河附近(99°48′32″E,36°59′29″N。Q1)、沙岛附近(100°39′26″E,36°51′47″N。Q2)、蓝宝石附近(99°45′46″E,38°8′42″N。Q3)及未知地点(99°47′34″E,36°44′37″N。Q4),水样采集深度介于15~25 cm。水样理化参数(总有机碳TOC,总有机氮TN,总盐度TS;pH;Na+,K+,Mg2+,Ca2+,Cl-,SO42-,CO32-)测定由上海微谱化工技术服务有限公司完成,检测标准参照离子色谱分析方法通则(JY/T 020-1996)。

    1.2 基因组DNA提取与PCR扩增

    水样采用0.22 μm灭菌滤膜真空抽滤,将滤膜剪切,参照试剂盒(QI Aamp Fast DNA Stool Mini Kit,上海赛百盛公司)说明书抽提基因组DNA。分别对细菌和古菌16S rRNA基因的V3-V4区和V3-V5区进行PCR扩增(美国ABI Gene Amp 9700),细菌引物为338F(5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3′)和806R(5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′);古菌引物为344F(5′-ACGGGGYGCAGCAGGCGCGA-3′)和915R(5′-GTGCTCCCCCGCCAATTCCT-3′)。PCR扩增采用TransStart Fastpfu DNA Polymerase(北京全式金生物技术公司),反应条件为95 ℃180 s,95 ℃ 30 s,55 ℃ 30 s及72 ℃ 45 s,细菌和古菌分别进行27个和32个循环,最后于72 ℃延伸10 min。采用AxyPrep DNA凝胶回收试剂盒(美国Axygen公司)纯化PCR产物,产物用电泳法检测。

    1.3 测序数据优化处理与OTU聚类

    PCR产物采用Quanti FluorTM-ST蓝色荧光定量系统(美国Promega公司)检测定量,按照每个样品的测序量要求,进行相应比例的混合后,由上海美吉生物科技有限公司完成高通量MiSeq测序(Illumina MiSeq PE300) ......

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