基于网络药理学和生物信息学的大柴胡汤治疗2型糖尿病作用机制探讨
靶点,通路,1材料与方法,1大柴胡汤活性成分与作用基因的挖掘,2T2DM相关基因的筛选,3大柴胡汤治疗T2DM的相关靶点基因的筛选,4“复方-药材-组分-靶点-疾病”网络构建与分析,5GO功能和K
孙昊,马平,崔楠,于庆潭,崔静(1 海军青岛特勤疗养中心医训部,山东 青岛 266071; 2 青岛市第三人民医院麻醉科; 3 青岛大学附属医院医院管理研究所;4 海军青岛特勤疗养中心疗养五区检验科; 5 青岛市疾病预防控制中心/青岛市预防医学研究院)
2型糖尿病(T2DM)是一种慢性代谢紊乱性疾病,我国T2DM病人高达1.14亿,居世界首位[1]。中医临床上常用大柴胡汤治疗T2DM[2-3]。大柴胡汤可以通过调节IRS-1/PI3K/Akt通路活性、糖脂代谢和抑制氧化应激反应来减轻胰岛素抵抗,从而发挥治疗T2DM 的作用[4-6]。本研究采用网络药理学与生物信息学相结合的方法,分析大柴胡汤治疗T2DM的潜在分子生物学机制,探讨大柴胡汤临床治疗T2DM的药效机制,为该方的药理学机制研究提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 大柴胡汤活性成分与作用基因的挖掘
通过在线中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)(https://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)检索大柴胡汤的相关蛋白。以大柴胡汤的药物组成为检索词,将口服生物利用度(OB)≥40%和药物相似性(DL)≥0.20的药物成分相关的蛋白质纳入研究,然后将纳入的蛋白质通过蛋白质数据库(UniProt)(https://www.uniprot.org/)规范为相应的基因。
1.2 T2DM相关基因的筛选
T2DM的相关基因以“‘Type 2 diabetes’and ‘Homo sapiens’ [porgn:_txid9606] and ‘series’ and ‘expression profiling by array’”在PubMed的基因表达数据库(GEO数据库)中检索,共检索到140个可能相关的基因芯片,通过GEO2R对含有T2DM与非T2DM样本的基因芯片进行中位数标准分析,导出T2DM与非T2DM分别处于同一水平的基因样本,将调整后P1的基因纳入到本研究 ......
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