李岱容，穆柳青，张春燕，杨 春

    (1.重庆医科大学附属第一医院 呼吸科, 重庆 400016；2.重庆医科大学 病原微生物教研室, 重庆 400016)

    结核分枝杆菌(mycobacteriumtuberculosis, MTB)引起的结核病是重要的传染病，随着耐药和泛耐药菌株增多，结核病仍然给人们的生命健康带来了巨大的威胁[1]。目前结核杆菌的诊断与治疗均存在很多的难点，急需新的诊断指标与治疗靶点。ATP依赖的Clp蛋白酶系统是重要的酶系统，参与调节体内蛋白质代谢，清除不可逆损伤蛋白，对外应激耐受及维持内环境的稳态。MTB具有自身特殊的Clp蛋白酶系统，含有多个Clp亚基: ClpP1、ClpP2、ClpB、ClpC1、ClpC2、ClpX[2]。目前MTB的Clp蛋白酶中除ClpP1、ClpC1外，其余亚单位的结构功能仍然未有文献对其详细阐述[3-4]。由于MTB生长缓慢，具有高致病性，实验条件苛刻，本文应用生物信息学的方法，重点对ClpC2亚单位的保守性及其生物学作用进行分析，希望能从中得到更多的信息，为结核杆菌的诊断和治疗提供新的靶点。

    1 方法

    1.1 多重序列比对和进化树构建 首先在NCBI数据库中查找MTB的标准菌株H37Rv的clpC2基因核苷酸序列，用NCBI的BLAST程序搜索其同源生物序列。使用 ClustX 2.0版软件进行多重序列比对，序列对齐后再加以人工检查。进化树使用MEGA5.1软件的邻接归并法(Neighbor-Joining Method, NJ)构建，Kimura两参数模型(Kimura′s two-parameter)，自展检验(bootstrap analysis)重复1 000次。基于分枝杆菌16s rRNA基因进化树的构建也采用上述同样的方法进行。

    1.2 种内及种间进化分歧 运用MEGA5.1软件包中的Kimura′s two-parameter模式对分枝杆菌属16s rRNA和clpC2基因序列进行分析后，计算种内及种间进化分歧。

    1.3 ClpC2保守结构域与二级结构的预测 从NCBI下载ClpC2的序列后，提交序列至http://swissmodel.expasy.org网站预测ClpC2 的保守结构域与二级结构[5]。

    1.4 ClpC2蛋白酶的基本生物信息学分析 应用ExPASy的ProtParam对ClpC2氨基酸序列进行氨基酸数量、分子量、等电点、氨基酸组成及亲水性等基本理化性质的分析。应用PSORTb version 3.0.0分析蛋白质的亚细胞定位 ......