植物品种鉴定 MNP标记法.pdf
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2020年11月3日
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植物品种鉴定 MNP标记法，本标准规定了植物品种鉴定多核苷酸多态性(MNP)标记法的原理、试剂或材料、仪器设备、测定步骤、结果分析。
前言
本标准按照GB/T 1.1-2009给出的规则起草。
本标准由中国标准化研究院提出并归口。
本标准起草单位：江汉大学、武汉明了生物科技有限公司、中国标准化研究院、农业农村部科技发展中心、北京工商大学、北京市农林科学院蔬菜研究中心、湖南杂交水稻研究中心、华南农业大学、张家口市农业科学院，深圳华大智造科技有限公司。
本标准主要起草人：彭海、方治伟、李论、马爱进、周俊飞、温常龙、李甜甜、唐浩、陈红、崔野韩、张嘉楠、贾英民、许娜、宋书锋、胡美霞、符习勤、赵治海、梁勇、徐振江、高利芬、陈利红、韩瑞玺、张蝶、张静、余进文。
范围
本标准规定了植物品种鉴定多核苷酸多态性(MNP)标记法的原理、试剂或材料、仪器设备、测定步骤、结果分析。
本标准适用于水稻(Oryza sativa L.)、玉米(Zea mays L.)、大豆[Glycine mar(Linn.)Merr.]、棉花(Gossypium spp.)、花生(Arachis hypogaea L.)、谷子(Setaria italica)、西瓜(Citrullus lanatus)、甜瓜(Cacumis melo L.)、黄瓜(C'acumis sativus L.)、艾草(Artemisia argyi)、番茄(L.ycopersicon esculen-
tum Mill.)、辣椒(Capsicum annuum L.)、白菜[Brassica pekinensis(Lour.)Rupr.]、龙眼(Dimocarpus longan Lour.)、荔枝(Litchi chinensis Sonn.)、猕猴桃(Actinidia Chinensis)的原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定。其他植物品种鉴定可参考本标准。
测序数据质量控制
数据质量控制如下：利用MILMNP品种鉴定软件将样品的测序数据比对到参考基因组的标记位点上，统计第一次检测的标记位点的平均覆盖倍数Ci；
-当C，小于500时，判定样品的测序数据量不足，从7.5或之前的步骤开始重新实验至第一次检测的标记位点的平均覆盖倍数C，大于或等于500；
-当C，大于或等于500时，进一步计算检出的标记位点的比例R，一7，其中，T，和T分别为样品的检出的标记位点的数目和检测的标记位点的数目；
-当R，大于或等于95%时，判定测序数据合格；
-当R，小于95%时，判定文库构建可能失败，从7.3或之前的步骤开始重新实验至第二次检测的标记位点的平均覆盖倍数C，大于或等于500；一当C：大于或等于500时，进一步计算第一次和第二次共同的检出的标记位点的比例R：=
_2T
7T，其中，T，为第一次和第二次共同检出的标记位点的数目，T，和T2为第一次和第二次分别检出的标记位点的数目：
-当R：大于或等于95%时，判定测序数据合格。
植物品种鉴定 MNP标记法截图
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